Homo sapiens Gene: SF3B4 | |||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-102024.6 | ||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | SF3B4 | ||||||||||||||||||||||
Gene Name | splicing factor 3b, subunit 4, 49kDa | ||||||||||||||||||||||
Synonyms | AFD1; Hsh49; SAP49; SF3b49 | ||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSG00000143368 | ||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
splicing factor 3b, subunit 4, 49kDa
splicing factor 3b, subunit 4, 49kDa
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||
Summary |
This gene encodes one of four subunits of the splicing factor 3B. The protein encoded by this gene cross-links to a region in the pre-mRNA immediately upstream of the branchpoint sequence in pre-mRNA in the prespliceosomal complex A. It also may be involved in the assembly of the B, C and E spliceosomal complexes. In addition to RNA-binding activity, this protein interacts directly and highly specifically with subunit 2 of the splicing factor 3B. This protein contains two N-terminal RNA-recognition motifs (RRMs), consistent with the observation that it binds directly to pre-mRNA. [provided by RefSeq, Jul 2008] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 1:149923317-149928344 | ||||||||||||||||||||||
Strand | Reverse strand | ||||||||||||||||||||||
Band | q21.2 | ||||||||||||||||||||||
Transcripts |
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Interactions | |||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 122 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 2 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||||
Species
Mus musculus
Bos taurus
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Gene ID
Gene Order
Not yet available
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Pathways | |||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||
REACTOME |
mRNA Splicing - Major Pathway pathway
mRNA Splicing - Minor Pathway pathway
Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA pathway
mRNA Splicing pathway
Gene Expression pathway
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KEGG |
Spliceosome pathway
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INOH | |||||||||||||||||||||||
PID NCI | |||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||
SwissProt | |||||||||||||||||||||||
TrEMBL | Q5SZ64 | ||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 10262 | ||||||||||||||||||||||
UniGene | |||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_005850 XM_005277331 | ||||||||||||||||||||||
HUGO | HGNC:10771 | ||||||||||||||||||||||
OMIM | 605593 | ||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS72900 | ||||||||||||||||||||||
HPRD | 12028 | ||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||
EMBL | AL590487 AL591493 | ||||||||||||||||||||||
GenPept | CAI12553 CAI12647 | ||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | 10262 | ||||||||||||||||||||||