Homo sapiens Gene: CIITA | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-14377.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | CIITA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | class II, major histocompatibility complex, transactivator | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | C2TA; CIITAIV; MHC2TA; NLRA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSG00000179583 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
class II, major histocompatibility complex, transactivator
class II, major histocompatibility complex, transactivator
class II, major histocompatibility complex, transactivator
class II, major histocompatibility complex, transactivator
class II, major histocompatibility complex, transactivator
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
This gene encodes a protein with an acidic transcriptional activation domain, 4 LRRs (leucine-rich repeats) and a GTP binding domain. The protein is located in the nucleus and acts as a positive regulator of class II major histocompatibility complex gene transcription, and is referred to as the "master control factor" for the expression of these genes. The protein also binds GTP and uses GTP binding to facilitate its own transport into the nucleus. Once in the nucleus it does not bind DNA but rather uses an intrinsic acetyltransferase (AT) activity to act in a coactivator-like fashion. Mutations in this gene have been associated with bare lymphocyte syndrome type II (also known as hereditary MHC class II deficiency or HLA class II-deficient combined immunodeficiency), increased susceptibility to rheumatoid arthritis, multiple sclerosis, and possibly myocardial infarction. [provided by RefSeq, Jul 2008] This gene encodes a protein with an acidic transcriptional activation domain, 4 LRRs (leucine-rich repeats) and a GTP binding domain. The protein is located in the nucleus and acts as a positive regulator of class II major histocompatibility complex gene transcription, and is referred to as the "master control factor" for the expression of these genes. The protein also binds GTP and uses GTP binding to facilitate its own transport into the nucleus. Once in the nucleus it does not bind DNA but rather uses an intrinsic acetyltransferase (AT) activity to act in a coactivator-like fashion. Mutations in this gene have been associated with bare lymphocyte syndrome type II (also known as hereditary MHC class II deficiency or HLA class II-deficient combined immunodeficiency), increased susceptibility to rheumatoid arthritis, multiple sclerosis, and possibly myocardial infarction. Several transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Nov 2013] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 16:10877198-10932281 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Strand | Forward strand | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Band | p13.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcripts | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 69 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 19 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species
Mus musculus
Bos taurus
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Gene ID
Gene Order
Not yet available
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Pathways | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
REACTOME |
Interferon gamma signaling pathway
Cytokine Signaling in Immune system pathway
Interferon Signaling pathway
Immune System pathway
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KEGG |
Antigen processing and presentation pathway
Primary immunodeficiency pathway
Toxoplasmosis pathway
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INOH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PID NCI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 4261 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Hs.665026 Hs.701991 Hs.716787 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_000246 NM_001286402 NM_001286403 XM_005255320 XM_005255321 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HUGO | HGNC:7067 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | 600005 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS10544 CCDS66943 CCDS73826 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | 02475 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | 4261 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||