Mus musculus Gene: Ctcf | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-188080.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Ctcf | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | CCCTC-binding factor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | AW108038 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Mus musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000005698 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
CCCTC-binding factor
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Annotation from Orthologs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
[Homo sapiens] CTCF regulates the transcription of the interleukin 1 receptor-associates kinase 2 (IRAK2) promoter. IRAK2 is part of a family of four IRAKs that regulate immune responsiveness to bacterial endotoxins.
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Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
This gene does not have any Entrez summary - the following is the summary from its human ortholog ENSG00000102974:
This gene is a member of the BORIS + CTCF gene family and encodes a transcriptional regulator protein with 11 highly conserved zinc finger (ZF) domains. This nuclear protein is able to use different combinations of the ZF domains to bind different DNA target sequences and proteins. Depending upon the context of the site, the protein can bind a histone acetyltransferase (HAT)-containing complex and function as a transcriptional activator or bind a histone deacetylase (HDAC)-containing complex and function as a transcriptional repressor. If the protein is bound to a transcriptional insulator element, it can block communication between enhancers and upstream promoters, thereby regulating imprinted expression. Mutations in this gene have been associated with invasive breast cancers, prostate cancers, and Wilms' tumors. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2010] This gene is a member of the BORIS + CTCF gene family and encodes a transcriptional regulator protein with 11 highly conserved zinc finger (ZF) domains. This nuclear protein is able to use different combinations of the ZF domains to bind different DNA target sequences and proteins. Depending upon the context of the site, the protein can bind a histone acetyltransferase (HAT)-containing complex and function as a transcriptional activator or bind a histone deacetylase (HDAC)-containing complex and function as a transcriptional repressor. If the protein is bound to a transcriptional insulator element, it can block communication between enhancers and upstream promoters, thereby regulating imprinted expression. Mutations in this gene have been associated with invasive breast cancers, prostate cancers, and Wilms\' tumors. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2010] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 8:105636568-105682922 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Strand | Forward strand | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Band | D3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcripts |
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Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 42 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 39 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species
Homo sapiens
Bos taurus
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Gene ID
Gene Order
Not yet available
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Pathway Predictions based on Human Orthology Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NETPATH |
TGF_beta_Receptor pathway
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REACTOME | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
KEGG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
INOH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PID NCI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | Q61164 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | Q3USR8 Q3UYZ8 Q3UZH8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 13018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Mm.269474 Mm.397215 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_181322 XM_006530644 XM_006530645 XM_006530646 XM_006530647 XM_006530648 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS22606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI ID | MGI:109447 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Symbol | Ctcf | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | AK076192 AK132514 AK133842 AK134247 AK140164 BC037456 BC046398 BC049131 BC058240 U51037 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | AAC52928 AAH37456 AAH46398 AAH49131 AAH58240 BAC36245 BAE21212 BAE21879 BAE22063 BAE24263 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | 13018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||