Homo sapiens Gene: CALR | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-31410.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | CALR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | calreticulin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | cC1qR; CRT; HEL-S-99n; RO; SSA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSG00000179218 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
calreticulin
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
Calreticulin is a multifunctional protein that acts as a major Ca(2+)-binding (storage) protein in the lumen of the endoplasmic reticulum. It is also found in the nucleus, suggesting that it may have a role in transcription regulation. Calreticulin binds to the synthetic peptide KLGFFKR, which is almost identical to an amino acid sequence in the DNA-binding domain of the superfamily of nuclear receptors. Calreticulin binds to antibodies in certain sera of systemic lupus and Sjogren patients which contain anti-Ro/SSA antibodies, it is highly conserved among species, and it is located in the endoplasmic and sarcoplasmic reticulum where it may bind calcium. The amino terminus of calreticulin interacts with the DNA-binding domain of the glucocorticoid receptor and prevents the receptor from binding to its specific glucocorticoid response element. Calreticulin can inhibit the binding of androgen receptor to its hormone-responsive DNA element and can inhibit androgen receptor and retinoic acid receptor transcriptional activities in vivo, as well as retinoic acid-induced neuronal differentiation. Thus, calreticulin can act as an important modulator of the regulation of gene transcription by nuclear hormone receptors. Systemic lupus erythematosus is associated with increased autoantibody titers against calreticulin but calreticulin is not a Ro/SS-A antigen. Earlier papers referred to calreticulin as an Ro/SS-A antigen but this was later disproven. Increased autoantibody titer against human calreticulin is found in infants with complete congenital heart block of both the IgG and IgM classes. [provided by RefSeq, Jul 2008] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 19:12938578-12944489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Strand | Forward strand | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Band | p13.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcripts |
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Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 109 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 7 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species
Mus musculus
Bos taurus
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Gene ID
Gene Order
Not yet available
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Pathways | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NETPATH |
AndrogenReceptor pathway
TSH pathway
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REACTOME |
Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC pathway
ER-Phagosome pathway pathway
ATF6-alpha activates chaperone genes pathway
ATF6-alpha activates chaperones pathway
Calnexin/calreticulin cycle pathway
N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle pathway
Asparagine N-linked glycosylation pathway
Assembly of Viral Components at the Budding Site pathway
Unfolded Protein Response (UPR) pathway
Influenza Infection pathway
Post-translational protein modification pathway
Scavenging by Class F Receptors pathway
Binding and Uptake of Ligands by Scavenger Receptors pathway
Virus Assembly and Release pathway
Scavenging by Class A Receptors pathway
Antigen processing-Cross presentation pathway
Metabolism of proteins pathway
Adaptive Immune System pathway
Immune System pathway
Class I MHC mediated antigen processing & presentation pathway
Influenza Life Cycle pathway
Disease pathway
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KEGG |
Antigen processing and presentation pathway
Protein processing in endoplasmic reticulum pathway
Chagas disease (American trypanosomiasis) pathway
Phagosome pathway
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INOH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PID NCI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Hs.515162 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_004343 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HUGO | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS12288 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | 00169 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||