Homo sapiens Gene: HDAC5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-53295.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | HDAC5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | histone deacetylase 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | HD5; NY-CO-9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSG00000108840 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
histone deacetylase 5
histone deacetylase 5
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
Histones play a critical role in transcriptional regulation, cell cycle progression, and developmental events. Histone acetylation/deacetylation alters chromosome structure and affects transcription factor access to DNA. The protein encoded by this gene belongs to the class II histone deacetylase/acuc/apha family. It possesses histone deacetylase activity and represses transcription when tethered to a promoter. It coimmunoprecipitates only with HDAC3 family member and might form multicomplex proteins. It also interacts with myocyte enhancer factor-2 (MEF2) proteins, resulting in repression of MEF2-dependent genes. This gene is thought to be associated with colon cancer. Two transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 17:44076746-44123702 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Strand | Reverse strand | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Band | q21.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcripts | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 368 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 13 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species
Mus musculus
Bos taurus
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Gene ID
Gene Order
Not yet available
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Pathways | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NETPATH |
BCR pathway
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REACTOME |
NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription pathway
Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants pathway
Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants pathway
Signaling by NOTCH1 t(7;9)(NOTCH1:M1580_K2555) Translocation Mutant pathway
Signaling by NOTCH1 in Cancer pathway
FBXW7 Mutants and NOTCH1 in Cancer pathway
Signal Transduction pathway
Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants in Cancer pathway
Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants in Cancer pathway
Signaling by NOTCH pathway
Signaling by NOTCH1 pathway
Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants in Cancer pathway
Disease pathway
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KEGG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
INOH |
TGF-beta signaling pathway
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PID NCI |
Signaling events mediated by HDAC Class II
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Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | K7EJZ7 K7ES01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 10014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Hs.438782 Hs.602536 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_001015053 NM_005474 XM_005256904 XM_005256905 XM_005256906 XM_005256907 XM_006721629 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HUGO | HGNC:14068 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | 605315 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS32663 CCDS45696 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | 09246 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | AC023855 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | 10014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||