Homo sapiens Gene: SPTLC3 | |||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-54517.6 | ||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||
Gene Symbol | SPTLC3 | ||||||||||||||||||
Gene Name | serine palmitoyltransferase, long chain base subunit 3 | ||||||||||||||||||
Synonyms | |||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSG00000172296 | ||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
serine palmitoyltransferase, long chain base subunit 3
serine palmitoyltransferase, long chain base subunit 3
serine palmitoyltransferase, long chain base subunit 3
serine palmitoyltransferase, long chain base subunit 3
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Protein Structure | |||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||
Summary |
The SPTLC3 gene encodes an isoform of the third subunit of serine palmitoyltransferase (SPT; EC 2.3.1.50), which catalyzes the rate-limiting step of the de novo synthesis of sphingolipids (Hornemann et al., 2006 [PubMed 17023427]). SPT contains 2 main subunits: the common SPTLC1 subunit (MIM 605712) and either SPTLC2 (MIM 605713) or its isoform SPTLC2L (SPTLC3), depending on the tissue in which biosynthesis occurs (Hornemann et al., 2006 [PubMed 17023427]). There are also 2 highly related isoforms of a third subunit, SSSPTA (MIM 613540) and SSSPTB (MIM 610412), that confer acyl-CoA preference of the SPT enzyme and are essential for maximal enzyme activity (Han et al., 2009 [PubMed 19416851]).[supplied by OMIM, Nov 2010] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 20:13008979-13169103 | ||||||||||||||||||
Strand | Forward strand | ||||||||||||||||||
Band | p12.1 | ||||||||||||||||||
Transcripts |
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Interactions | |||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 5 experimentally validated interaction(s) in this database.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||
Species
Mus musculus
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Gene ID
Gene Order
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Pathways | |||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||
REACTOME |
Sphingolipid de novo biosynthesis pathway
Sphingolipid metabolism pathway
Metabolism of lipids and lipoproteins pathway
Metabolism pathway
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KEGG |
Sphingolipid metabolism pathway
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INOH | |||||||||||||||||||
PID NCI | |||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||
SwissProt | |||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||
UniGene | Hs.425023 | ||||||||||||||||||
RefSeq | NM_018327 | ||||||||||||||||||
HUGO | |||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||
CCDS | CCDS13115 | ||||||||||||||||||
HPRD | 12765 | ||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||
EMBL | |||||||||||||||||||
GenPept | |||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | |||||||||||||||||||