Homo sapiens Gene: LFNG | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Summary | |||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-6980.6 | ||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | LFNG | ||||||||||||||||||||||||
Gene Name | LFNG O-fucosylpeptide 3-beta-N-acetylglucosaminyltransferase | ||||||||||||||||||||||||
Synonyms | SCDO3 | ||||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSG00000106003 | ||||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
LFNG O-fucosylpeptide 3-beta-N-acetylglucosaminyltransferase
LFNG O-fucosylpeptide 3-beta-N-acetylglucosaminyltransferase
LFNG O-fucosylpeptide 3-beta-N-acetylglucosaminyltransferase
LFNG O-fucosylpeptide 3-beta-N-acetylglucosaminyltransferase
LFNG O-fucosylpeptide 3-beta-N-acetylglucosaminyltransferase
LFNG O-fucosylpeptide 3-beta-N-acetylglucosaminyltransferase
|
||||||||||||||||||||||||
Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||
Summary |
This gene is a member of the fringe gene family which also includes radical and manic fringe genes. They all encode evolutionarily conserved glycosyltransferases that act in the Notch signaling pathway to define boundaries during embryonic development. While their genomic structure is distinct from other glycosyltransferases, fringe proteins have a fucose-specific beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase activity that leads to elongation of O-linked fucose residues on Notch, which alters Notch signaling. This gene product is predicted to be a single-pass type II Golgi membrane protein but it may also be secreted and proteolytically processed like the related proteins in mouse and Drosophila (PMID: 9187150). Mutations in this gene have been associated with autosomal recessive spondylocostal dysostosis 3. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Oct 2009] |
||||||||||||||||||||||||
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 7:2512529-2529177 | ||||||||||||||||||||||||
Strand | Forward strand | ||||||||||||||||||||||||
Band | p22.3 | ||||||||||||||||||||||||
Transcripts | |||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 2 experimentally validated interaction(s) in this database.
|
||||||||||||||||||||||||
Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
|
||||||||||||||||||||||||
Biological Process |
|
||||||||||||||||||||||||
Cellular Component |
|
||||||||||||||||||||||||
Orthologs | |||||||||||||||||||||||||
Species
Mus musculus
Bos taurus
|
Gene ID
Gene Order
Not yet available
|
||||||||||||||||||||||||
Pathways | |||||||||||||||||||||||||
NETPATH |
Notch pathway
|
||||||||||||||||||||||||
REACTOME |
Pre-NOTCH Processing in Golgi pathway
Pre-NOTCH Expression and Processing pathway
Signal Transduction pathway
Signaling by NOTCH pathway
|
||||||||||||||||||||||||
KEGG |
Notch signaling pathway pathway
Other types of O-glycan biosynthesis pathway
|
||||||||||||||||||||||||
INOH | |||||||||||||||||||||||||
PID NCI | |||||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||||
SwissProt | Q8NES3 | ||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 3955 | ||||||||||||||||||||||||
UniGene | Hs.159142 | ||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_001040167 NM_001040168 NM_001166355 NM_002304 | ||||||||||||||||||||||||
HUGO | HGNC:6560 | ||||||||||||||||||||||||
OMIM | 602576 | ||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS34586 CCDS34587 CCDS55081 CCDS55082 | ||||||||||||||||||||||||
HPRD | |||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||
EMBL | AC092488 AF193612 AK096284 AY124582 BC014851 U94354 | ||||||||||||||||||||||||
GenPept | AAC51360 AAF07187 AAH14851 AAM93542 BAG53248 | ||||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | 3955 | ||||||||||||||||||||||||