Homo sapiens Gene: DDX39B | |||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-77725.6 | ||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | DDX39B | ||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 39B | ||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | BAT1; D6S81E; UAP56 | ||||||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSG00000198563 | ||||||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 39B
DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 39B
DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 39B
DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 39B
DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 39B
DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 39B
DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 39B
DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 39B
DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 39B
DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 39B
DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 39B
DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 39B
DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 39B
DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 39B
DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 39B
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||
Summary |
This gene encodes a member of the DEAD box family of RNA-dependent ATPases that mediate ATP hydrolysis during pre-mRNA splicing. The encoded protein is an essential splicing factor required for association of U2 small nuclear ribonucleoprotein with pre-mRNA, and it also plays an important role in mRNA export from the nucleus to the cytoplasm. This gene belongs to a cluster of genes localized in the vicinity of the genes encoding tumor necrosis factor alpha and tumor necrosis factor beta. These genes are all within the human major histocompatibility complex class III region. Mutations in this gene may be associated with rheumatoid arthritis. Alternative splicing results in multiple transcript variants. Related pseudogenes have been identified on both chromosomes 6 and 11. Read-through transcription also occurs between this gene and the upstream ATP6V1G2 (ATPase, H+ transporting, lysosomal 13kDa, V1 subunit G2) gene. [provided by RefSeq, Feb 2011] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 6:31530219-31542448 | ||||||||||||||||||||||||||
Strand | Reverse strand | ||||||||||||||||||||||||||
Band | p21.33 | ||||||||||||||||||||||||||
Transcripts | |||||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 100 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 3 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||||||||
Species
Mus musculus
Bos taurus
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Gene ID
Gene Order
Not yet available
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Pathways | |||||||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||||||
REACTOME | |||||||||||||||||||||||||||
KEGG |
Spliceosome pathway
RNA transport pathway
mRNA surveillance pathway pathway
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INOH | |||||||||||||||||||||||||||
PID NCI | |||||||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | |||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Hs.623672 Hs.629173 Hs.630294 Hs.635791 | ||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_004640 NM_080598 | ||||||||||||||||||||||||||
HUGO | |||||||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS4697 | ||||||||||||||||||||||||||
HPRD | 00805 | ||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||
EMBL | |||||||||||||||||||||||||||
GenPept | |||||||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | |||||||||||||||||||||||||||