Homo sapiens Gene: ABCA1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-79441.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | ABCA1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | ATP-binding cassette, sub-family A (ABC1), member 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | ABC-1; ABC1; CERP; HDLDT1; TGD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSG00000165029 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
ATP-binding cassette, sub-family A (ABC1), member 1
ATP-binding cassette, sub-family A (ABC1), member 1
ATP-binding cassette, sub-family A (ABC1), member 1
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Annotation | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
ABCA1 promotes the efflux of bacterial lipopolysaccharide (LPS) from macrophages and accelerates recovery from LPS-induced tolerance.
ABCA1 in macrophages dampens inflammation by reducing MYD88-dependent TLR trafficking to lipid rafts, thus selectively reducing free cholesterol content in lipid rafts.
ABCA1 deletion in the myeloid lineage enhances host immune response and clearance of Listeria monocytogenes. (Demonstrated in mice)
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InnateDB Annotation from Orthologs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
[Mus musculus] Abca1 deletion in the myeloid lineage enhances host immune response and clearance of Listeria monocytogenes.
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Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
The membrane-associated protein encoded by this gene is a member of the superfamily of ATP-binding cassette (ABC) transporters. ABC proteins transport various molecules across extra- and intracellular membranes. ABC genes are divided into seven distinct subfamilies (ABC1, MDR/TAP, MRP, ALD, OABP, GCN20, White). This protein is a member of the ABC1 subfamily. Members of the ABC1 subfamily comprise the only major ABC subfamily found exclusively in multicellular eukaryotes. With cholesterol as its substrate, this protein functions as a cholesteral efflux pump in the cellular lipid removal pathway. Mutations in this gene have been associated with Tangier's disease and familial high-density lipoprotein deficiency. [provided by RefSeq, Jul 2008] The membrane-associated protein encoded by this gene is a member of the superfamily of ATP-binding cassette (ABC) transporters. ABC proteins transport various molecules across extra- and intracellular membranes. ABC genes are divided into seven distinct subfamilies (ABC1, MDR/TAP, MRP, ALD, OABP, GCN20, White). This protein is a member of the ABC1 subfamily. Members of the ABC1 subfamily comprise the only major ABC subfamily found exclusively in multicellular eukaryotes. With cholesterol as its substrate, this protein functions as a cholesteral efflux pump in the cellular lipid removal pathway. Mutations in this gene have been associated with Tangier\'s disease and familial high-density lipoprotein deficiency. [provided by RefSeq, Jul 2008] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 9:104781002-104928237 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Strand | Reverse strand | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Band | q31.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcripts |
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Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 44 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 4 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species
Mus musculus
Bos taurus
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Gene ID
Gene Order
Not yet available
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Pathways | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
REACTOME |
PPARA activates gene expression pathway
Regulation of lipid metabolism by Peroxisome proliferator-activated receptor alpha (PPARalpha) pathway
HDL-mediated lipid transport pathway
Fatty acid, triacylglycerol, and ketone body metabolism pathway
Metabolism of lipids and lipoproteins pathway
Lipoprotein metabolism pathway
Metabolism pathway
Lipid digestion, mobilization, and transport pathway
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KEGG |
ABC transporters pathway
Fat digestion and absorption pathway
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INOH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PID NCI |
RXR and RAR heterodimerization with other nuclear receptor
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Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | O95477 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | B1AMI1 B1AMI2 Q9H002 Q9NP93 Q9NS76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Hs.659274 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_005502 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HUGO | HGNC:29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | 600046 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS6762 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | AB037924 AB055982 AF165281 AF165282 AF165283 AF165284 AF165285 AF165286 AF165287 AF165288 AF165289 AF165290 AF165291 AF165292 AF165293 AF165294 AF165295 AF165296 AF165297 AF165298 AF165299 AF165300 AF165301 AF165302 AF165303 AF165304 AF165305 AF165306 AF165307 AF165308 AF165309 AF165310 AF258627 AF275948 AF285167 AF287262 AH009290 AJ012376 AJ252277 AL353685 AL359182 AL359846 CH471105 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | AAD49849 AAD49851 AAD49852 AAD49853 AAD49854 AAF69513 AAF69516 AAF86276 AAF98175 AAK43526 BAB07875 BAB63210 CAA10005 CAC21428 CAH72444 CAH73579 EAW58993 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | 19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||