Homo sapiens Gene: SS18L1 | |||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Summary | |||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-84021.6 | ||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | SS18L1 | ||||||||||||||||||||||
Gene Name | synovial sarcoma translocation gene on chromosome 18-like 1 | ||||||||||||||||||||||
Synonyms | CREST; LP2261 | ||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSG00000184402 | ||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
synovial sarcoma translocation gene on chromosome 18-like 1
synovial sarcoma translocation gene on chromosome 18-like 1
synovial sarcoma translocation gene on chromosome 18-like 1
synovial sarcoma translocation gene on chromosome 18-like 1
|
||||||||||||||||||||||
Protein Structure | |||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||
Summary |
Synovial sarcomas occur most frequently in the extremities around large joints. More than 90% of cases have a recurrent and specific chromosomal translocation, t(X;18)(p11.2;q11.2), in which the 5-prime end of the SS18 gene (MIM 600192) is fused in-frame to the 3-prime end of the SSX1 (MIM 312820), SSX2 (MIM 300192), or SSX4 (MIM 300326) gene. The SS18L1 gene is homologous to SS18.[supplied by OMIM, Jul 2002] This gene encodes a calcium-responsive transactivator which is an essential subunit of a neuron-specific chromatin-remodeling complex. The structure of this gene is similar to that of the SS18 gene. Mutations in this gene are involved in amyotrophic lateral sclerosis (ALS). Alternatively spliced transcript variants have been found for this gene. [provided by RefSeq, Sep 2014] |
||||||||||||||||||||||
Gene Information | |||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 20:62143795-62182484 | ||||||||||||||||||||||
Strand | Forward strand | ||||||||||||||||||||||
Band | q13.33 | ||||||||||||||||||||||
Transcripts |
|
||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 31 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 2 interaction(s) predicted by orthology.
|
||||||||||||||||||||||
Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
|
||||||||||||||||||||||
Biological Process |
|
||||||||||||||||||||||
Cellular Component |
|
||||||||||||||||||||||
Orthologs | |||||||||||||||||||||||
Species
Mus musculus
Bos taurus
|
Gene ID
Gene Order
Not yet available
|
||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||
SwissProt | |||||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||
UniGene | Hs.154429 | ||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_198935 XM_005260391 XM_006723771 | ||||||||||||||||||||||
HUGO | |||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS13491 | ||||||||||||||||||||||
HPRD | 09398 | ||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||
EMBL | |||||||||||||||||||||||
GenPept | |||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | |||||||||||||||||||||||