Homo sapiens Gene: SCP2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-98680.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | SCP2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | sterol carrier protein 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | NLTP; NSL-TP; SCP-2; SCP-CHI; SCP-X; SCPX | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSG00000116171 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
sterol carrier protein 2
sterol carrier protein 2
sterol carrier protein 2
sterol carrier protein 2
sterol carrier protein 2
sterol carrier protein 2
sterol carrier protein 2
sterol carrier protein 2
sterol carrier protein 2
sterol carrier protein 2
sterol carrier protein 2
sterol carrier protein 2
sterol carrier protein 2
sterol carrier protein 2
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
This gene encodes two proteins: sterol carrier protein X (SCPx) and sterol carrier protein 2 (SCP2), as a result of transcription initiation from 2 independently regulated promoters. The transcript initiated from the proximal promoter encodes the longer SCPx protein, and the transcript initiated from the distal promoter encodes the shorter SCP2 protein, with the 2 proteins sharing a common C-terminus. Evidence suggests that the SCPx protein is a peroxisome-associated thiolase that is involved in the oxidation of branched chain fatty acids, while the SCP2 protein is thought to be an intracellular lipid transfer protein. This gene is highly expressed in organs involved in lipid metabolism, and may play a role in Zellweger syndrome, in which cells are deficient in peroxisomes and have impaired bile acid synthesis. Alternative splicing of this gene produces multiple transcript variants, some encoding different isoforms.[provided by RefSeq, Aug 2010] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 1:52927229-53051703 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Strand | Forward strand | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Band | p32.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcripts | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 34 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 2 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species
Mus musculus
Bos taurus
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Gene ID
Gene Order
Not yet available
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Pathways | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
REACTOME |
alpha-linolenic acid (ALA) metabolism pathway
Metabolism of lipids and lipoproteins pathway
alpha-linolenic (omega3) and linoleic (omega6) acid metabolism pathway
Metabolism pathway
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KEGG |
PPAR signaling pathway pathway
Primary bile acid biosynthesis pathway
Peroxisome pathway
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INOH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PID NCI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 6342 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Hs.476365 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_001007098 NM_001007099 NM_001007100 NM_001007250 NM_001193599 NM_001193600 NM_001193617 NM_002979 XM_005271104 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HUGO | HGNC:10606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | 184755 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS30719 CCDS41338 CCDS44149 CCDS44150 CCDS53317 CCDS53318 CCDS53319 CCDS572 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | 01700 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | 6342 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||