Mus musculus Gene: Abca1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-147642.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Abca1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | ATP-binding cassette, sub-family A (ABC1), member 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | ABC-1; Abc1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Mus musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000015243 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
ATP-binding cassette, sub-family A (ABC1), member 1
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Annotation | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
Abca1 deletion in the myeloid lineage enhances host immune response and clearance of Listeria monocytogenes.
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InnateDB Annotation from Orthologs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
[Homo sapiens] ABCA1 promotes the efflux of bacterial lipopolysaccharide (LPS) from macrophages and accelerates recovery from LPS-induced tolerance.
[Homo sapiens] ABCA1 in macrophages dampens inflammation by reducing MYD88-dependent TLR trafficking to lipid rafts, thus selectively reducing free cholesterol content in lipid rafts.
[Homo sapiens] ABCA1 deletion in the myeloid lineage enhances host immune response and clearance of Listeria monocytogenes. (Demonstrated in mice)
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Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
The membrane-associated protein encoded by this gene is a member of the superfamily of ATP-binding cassette (ABC) transporters. ABC proteins transport various molecules across extra- and intracellular membranes. ABC genes are divided into seven distinct subfamilies (ABC1, MDR/TAP, MRP, ALD, OABP, GCN20, White). This protein is a member of the ABC1 subfamily. Members of the ABC1 subfamily comprise the only major ABC subfamily found exclusively in multicellular eukaryotes. In humans, this protein functions as a cholesterol efflux pump in the cellular lipid removal pathway. Mutations in the human gene have been associated with Tangier's disease and familial high-density lipoprotein deficiency. [provided by RefSeq, Jul 2008] The membrane-associated protein encoded by this gene is a member of the superfamily of ATP-binding cassette (ABC) transporters. ABC proteins transport various molecules across extra- and intracellular membranes. ABC genes are divided into seven distinct subfamilies (ABC1, MDR/TAP, MRP, ALD, OABP, GCN20, White). This protein is a member of the ABC1 subfamily. Members of the ABC1 subfamily comprise the only major ABC subfamily found exclusively in multicellular eukaryotes. In humans, this protein functions as a cholesterol efflux pump in the cellular lipid removal pathway. Mutations in the human gene have been associated with Tangier\'s disease and familial high-density lipoprotein deficiency. [provided by RefSeq, Jul 2008] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 4:53030787-53159895 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Strand | Reverse strand | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Band | B2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcripts |
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Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 6 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 32 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species
Homo sapiens
Bos taurus
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Gene ID
Gene Order
Not yet available
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Pathways | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
REACTOME |
Fatty acid, triacylglycerol, and ketone body metabolism pathway
HDL-mediated lipid transport pathway
Metabolism pathway
Metabolism of lipids and lipoproteins pathway
Regulation of lipid metabolism by Peroxisome proliferator-activated receptor alpha (PPARalpha) pathway
Lipid digestion, mobilization, and transport pathway
Lipoprotein metabolism pathway
PPARA activates gene expression pathway
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KEGG |
ABC transporters pathway
Fat digestion and absorption pathway
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INOH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PID NCI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pathway Predictions based on Human Orthology Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
REACTOME |
PPARA activates gene expression pathway
Regulation of lipid metabolism by Peroxisome proliferator-activated receptor alpha (PPARalpha) pathway
HDL-mediated lipid transport pathway
Fatty acid, triacylglycerol, and ketone body metabolism pathway
Metabolism of lipids and lipoproteins pathway
Lipoprotein metabolism pathway
Metabolism pathway
Lipid digestion, mobilization, and transport pathway
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KEGG |
ABC transporters pathway
Fat digestion and absorption pathway
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INOH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PID NCI |
RXR and RAR heterodimerization with other nuclear receptor
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Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | P41233 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 11303 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Mm.277376 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_013454 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS18187 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI ID | MGI:99607 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Symbol | Abca1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | AF287263 AL772397 AL807243 CH466565 X75926 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | AAG39073 CAA53530 CAM18883 CAM27437 EDL02285 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | 11303 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||