Mus musculus Gene: Itga6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-179059.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Itga6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | integrin alpha 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | 5033401O05Rik; AI115430; Cd49f; VLA-6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Mus musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000027111 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
integrin alpha 6
integrin alpha 6
integrin alpha 6
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
This gene encodes a protein that is a member of the integrin superfamily. Integrins are transmembrane receptors involved cell adhesion and signaling, and they are subdivided based on the heterodimer formation of alpha and beta chains. This protein has been shown to heterodimerize with beta 4 to bind laminin and to form the main component of hemidesmosomes, which mediate attachment of epithelia to basement membranes. In mouse, deficiency of this gene is associated with absence of hemidesmosomes, severe skin blistering, and early post-natal death. In humans mutations of this gene are associated with epidermolysis bullosa. Alternative splicing results in multiple transcript variants that encode different protein isoforms. [provided by RefSeq, May 2013] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 2:71745616-71858416 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Strand | Forward strand | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Band | C2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcripts | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 5 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 12 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species
Homo sapiens
Bos taurus
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Gene ID
Gene Order
Not yet available
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Pathways | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
REACTOME |
Collagen formation pathway
Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures pathway
Hemostasis pathway
Type I hemidesmosome assembly pathway
Cell surface interactions at the vascular wall pathway
Extracellular matrix organization pathway
Basigin interactions pathway
Laminin interactions pathway
Integrin cell surface interactions pathway
Cell junction organization pathway
Cell-Cell communication pathway
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KEGG |
Cell adhesion molecules (CAMs) pathway
ECM-receptor interaction pathway
Hematopoietic cell lineage pathway
Regulation of actin cytoskeleton pathway
Small cell lung cancer pathway
Focal adhesion pathway
Arrhythmogenic right ventricular cardiomyopathy (ARVC) pathway
Pathways in cancer pathway
Hypertrophic cardiomyopathy (HCM) pathway
Dilated cardiomyopathy pathway
Toxoplasmosis pathway
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INOH |
Integrin signaling pathway pathway
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PID NCI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pathway Predictions based on Human Orthology Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
NETPATH |
Alpha6Beta4Integrin pathway
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REACTOME |
Basigin interactions pathway
Cell surface interactions at the vascular wall pathway
Integrin cell surface interactions pathway
Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures pathway
Type I hemidesmosome assembly pathway
Cell-Cell communication pathway
Extracellular matrix organization pathway
Cell junction organization pathway
Syndecan interactions pathway
Non-integrin membrane-ECM interactions pathway
Laminin interactions pathway
Collagen formation pathway
Hemostasis pathway
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KEGG |
Regulation of actin cytoskeleton pathway
Hematopoietic cell lineage pathway
Cell adhesion molecules (CAMs) pathway
ECM-receptor interaction pathway
Small cell lung cancer pathway
Focal adhesion pathway
Arrhythmogenic right ventricular cardiomyopathy (ARVC) pathway
Hypertrophic cardiomyopathy (HCM) pathway
Pathways in cancer pathway
Dilated cardiomyopathy pathway
Toxoplasmosis pathway
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INOH |
Integrin signaling pathway pathway
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PID NCI |
Beta1 integrin cell surface interactions
Integrin family cell surface interactions
a6b1 and a6b4 Integrin signaling
Validated targets of C-MYC transcriptional repression
Alpha6 beta4 integrin-ligand interactions
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Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Mm.225096 Mm.445995 Mm.461564 Mm.466325 Mm.470992 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_001277970 NM_008397 XM_006498805 XM_006498806 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS16118 CCDS71074 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Symbol | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | |||||||||||||||||||||||||||||||||||