Mus musculus Gene: Col12a1 | |||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-187276.6 | ||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Col12a1 | ||||||||||||||||||||||
Gene Name | collagen, type XII, alpha 1 | ||||||||||||||||||||||
Synonyms | |||||||||||||||||||||||
Species | Mus musculus | ||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000032332 | ||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
collagen, type XII, alpha 1
collagen, type XII, alpha 1
collagen, type XII, alpha 1
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||
Summary |
This gene does not have any Entrez summary - the following is the summary from its human ortholog ENSG00000111799:
This gene encodes the alpha chain of type XII collagen, a member of the FACIT (fibril-associated collagens with interrupted triple helices) collagen family. Type XII collagen is a homotrimer found in association with type I collagen, an association that is thought to modify the interactions between collagen I fibrils and the surrounding matrix. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been identified. [provided by RefSeq, Jul 2008] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 9:79598991-79718831 | ||||||||||||||||||||||
Strand | Reverse strand | ||||||||||||||||||||||
Band | E1 | ||||||||||||||||||||||
Transcripts |
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Interactions | |||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 1 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 3 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||||
Species
Homo sapiens
Bos taurus
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Gene ID
Gene Order
Not yet available
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Pathways | |||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||
REACTOME |
Collagen formation pathway
Collagen biosynthesis and modifying enzymes pathway
Extracellular matrix organization pathway
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KEGG |
Protein digestion and absorption pathway
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INOH |
Integrin signaling pathway pathway
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PID NCI | |||||||||||||||||||||||
Pathway Predictions based on Human Orthology Data | |||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||
REACTOME |
Collagen biosynthesis and modifying enzymes pathway
Collagen degradation pathway
Extracellular matrix organization pathway
Degradation of the extracellular matrix pathway
Collagen formation pathway
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KEGG |
Protein digestion and absorption pathway
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INOH |
Integrin signaling pathway pathway
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PID NCI | |||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||
SwissProt | |||||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||
UniGene | Mm.3819 Mm.400941 Mm.413256 Mm.461533 | ||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_001290308 NM_007730 XM_006510797 XM_006510798 XM_006510799 | ||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS72284 | ||||||||||||||||||||||
HPRD | |||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||
MGI ID | |||||||||||||||||||||||
MGI Symbol | |||||||||||||||||||||||
EMBL | |||||||||||||||||||||||
GenPept | |||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | |||||||||||||||||||||||