Mus musculus Gene: Col11a1 | |||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-189345.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Col11a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | collagen, type XI, alpha 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | C530001D20Rik; cho | ||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Mus musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000027966 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
collagen, type XI, alpha 1
collagen, type XI, alpha 1
collagen, type XI, alpha 1
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
This gene does not have any Entrez summary - the following is the summary from its human ortholog ENSG00000060718:
This gene encodes one of the two alpha chains of type XI collagen, a minor fibrillar collagen. Type XI collagen is a heterotrimer but the third alpha chain is a post-translationally modified alpha 1 type II chain. Mutations in this gene are associated with type II Stickler syndrome and with Marshall syndrome. A single-nucleotide polymorphism in this gene is also associated with susceptibility to lumbar disc herniation. Multiple transcript variants have been identified for this gene. [provided by RefSeq, Nov 2009] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 3:114030540-114220718 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Strand | Forward strand | ||||||||||||||||||||||||||||||
Band | F3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Transcripts |
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Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 0 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 5 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||||||||||||
Species
Homo sapiens
Bos taurus
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Gene ID
Gene Order
Not yet available
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Pathways | |||||||||||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||||||||||
REACTOME |
Collagen formation pathway
Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures pathway
Collagen biosynthesis and modifying enzymes pathway
Extracellular matrix organization pathway
Degradation of the extracellular matrix pathway
Collagen degradation pathway
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KEGG |
ECM-receptor interaction pathway
Focal adhesion pathway
Amoebiasis pathway
Protein digestion and absorption pathway
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INOH |
Integrin signaling pathway pathway
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PID NCI | |||||||||||||||||||||||||||||||
Pathway Predictions based on Human Orthology Data | |||||||||||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||||||||||
REACTOME |
Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures pathway
Collagen biosynthesis and modifying enzymes pathway
Collagen degradation pathway
Extracellular matrix organization pathway
Degradation of the extracellular matrix pathway
Non-integrin membrane-ECM interactions pathway
Collagen formation pathway
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KEGG |
ECM-receptor interaction pathway
Focal adhesion pathway
Amoebiasis pathway
Protein digestion and absorption pathway
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INOH |
Integrin signaling pathway pathway
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PID NCI |
Beta1 integrin cell surface interactions
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Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | |||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | E9PVT8 Q8C4S5 Q8C6X0 Q8VIA3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 12814 | ||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Mm.209715 Mm.406689 | ||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_007729 XM_006500972 | ||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS17778 | ||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | |||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||
MGI ID | MGI:88446 | ||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Symbol | Col11a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | AB066244 AC112932 AC139132 AC156386 AK052979 AK081304 | ||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | BAB79246 BAC35228 BAC38190 | ||||||||||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | 12814 | ||||||||||||||||||||||||||||||