Version 5.4
| Homo sapiens Gene: TAF1C | |||||||||||||||||||||||
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| Summary | |||||||||||||||||||||||
| InnateDB Gene | IDBG-44336.6 | ||||||||||||||||||||||
| Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||
| Gene Symbol | TAF1C | ||||||||||||||||||||||
| Gene Name | TATA box binding protein (TBP)-associated factor, RNA polymerase I, C, 110kDa | ||||||||||||||||||||||
| Synonyms | MGC:39976; SL1; TAFI110; TAFI95 | ||||||||||||||||||||||
| Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||
| Ensembl Gene | ENSG00000103168 | ||||||||||||||||||||||
| Encoded Proteins |
TATA box binding protein (TBP)-associated factor, RNA polymerase I, C, 110kDa
TATA box binding protein (TBP)-associated factor, RNA polymerase I, C, 110kDa
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| Protein Structure | |||||||||||||||||||||||
| Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||
| Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||
| Summary |
Initiation of transcription by RNA polymerase I requires the formation of a complex composed of the TATA-binding protein (TBP) and three TBP-associated factors (TAFs) specific for RNA polymerase I. This complex, known as SL1, binds to the core promoter of ribosomal RNA genes to position the polymerase properly and acts as a channel for regulatory signals. This gene encodes the largest SL1-specific TAF. Multiple alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been identified. [provided by RefSeq, Jul 2011] |
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| Gene Information | |||||||||||||||||||||||
| Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||
| Genomic Location | Chromosome 16:84177847-84187070 | ||||||||||||||||||||||
| Strand | Reverse strand | ||||||||||||||||||||||
| Band | q24.1 | ||||||||||||||||||||||
| Transcripts | |||||||||||||||||||||||
| Interactions | |||||||||||||||||||||||
| Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 30 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 4 interaction(s) predicted by orthology.
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| Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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| Biological Process |
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| Cellular Component |
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| Orthologs | |||||||||||||||||||||||
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Species
Mus musculus
Bos taurus
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Gene ID
Gene Order
Not yet available
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| Pathways | |||||||||||||||||||||||
| NETPATH | |||||||||||||||||||||||
| REACTOME |
RNA Polymerase I Transcription Termination pathway
RNA Polymerase I Chain Elongation pathway
RNA Polymerase I Promoter Escape pathway
RNA Polymerase I Transcription Initiation pathway
RNA Polymerase I Transcription pathway
Epigenetic regulation of gene expression pathway
RNA Polymerase I Promoter Clearance pathway
NoRC negatively regulates rRNA expression pathway
SIRT1 negatively regulates rRNA Expression pathway
RNA Polymerase I, RNA Polymerase III, and Mitochondrial Transcription pathway
Gene Expression pathway
Negative epigenetic regulation of rRNA expression pathway
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| KEGG | |||||||||||||||||||||||
| INOH | |||||||||||||||||||||||
| PID NCI | |||||||||||||||||||||||
| Cross-References | |||||||||||||||||||||||
| SwissProt | |||||||||||||||||||||||
| TrEMBL | |||||||||||||||||||||||
| UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||
| Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.153022 | ||||||||||||||||||||||
| RefSeq | NM_001243156 NM_001243157 NM_001243158 NM_001243159 NM_005679 NM_139353 XM_005256226 XM_005256227 XM_006721325 XM_006721328 XM_006721329 | ||||||||||||||||||||||
| HUGO | |||||||||||||||||||||||
| OMIM | |||||||||||||||||||||||
| CCDS | CCDS32496 CCDS45535 CCDS58488 CCDS58489 | ||||||||||||||||||||||
| HPRD | 05364 | ||||||||||||||||||||||
| IMGT | |||||||||||||||||||||||
| EMBL | |||||||||||||||||||||||
| GenPept | |||||||||||||||||||||||
| RNA Seq Atlas | |||||||||||||||||||||||