Homo sapiens Gene: PLOD2 | |||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-60000.6 | ||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||
Gene Symbol | PLOD2 | ||||||||||||||||||
Gene Name | procollagen-lysine, 2-oxoglutarate 5-dioxygenase 2 | ||||||||||||||||||
Synonyms | LH2; TLH | ||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSG00000152952 | ||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
procollagen-lysine, 2-oxoglutarate 5-dioxygenase 2
procollagen-lysine, 2-oxoglutarate 5-dioxygenase 2
procollagen-lysine, 2-oxoglutarate 5-dioxygenase 2
procollagen-lysine, 2-oxoglutarate 5-dioxygenase 2
procollagen-lysine, 2-oxoglutarate 5-dioxygenase 2
procollagen-lysine, 2-oxoglutarate 5-dioxygenase 2
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Protein Structure | |||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||
Summary |
The protein encoded by this gene is a membrane-bound homodimeric enzyme that is localized to the cisternae of the rough endoplasmic reticulum. The enzyme (cofactors iron and ascorbate) catalyzes the hydroxylation of lysyl residues in collagen-like peptides. The resultant hydroxylysyl groups are attachment sites for carbohydrates in collagen and thus are critical for the stability of intermolecular crosslinks. Some patients with Ehlers-Danlos syndrome type VIB have deficiencies in lysyl hydroxylase activity. Mutations in the coding region of this gene are associated with Bruck syndrome. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Jul 2008] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 3:146069440-146163653 | ||||||||||||||||||
Strand | Reverse strand | ||||||||||||||||||
Band | q24 | ||||||||||||||||||
Transcripts | |||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 44 experimentally validated interaction(s) in this database.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||
Species
Mus musculus
Bos taurus
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Gene ID
Gene Order
Not yet available
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Pathways | |||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||
REACTOME |
Collagen biosynthesis and modifying enzymes pathway
Extracellular matrix organization pathway
Collagen formation pathway
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KEGG |
Lysine degradation pathway
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INOH | |||||||||||||||||||
PID NCI | |||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||
SwissProt | O00469 | ||||||||||||||||||
TrEMBL | B3KWS3 C9JXZ0 E7ETU9 F8WEW3 Q96AR9 Q96QU5 Q9Y6D3 | ||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||
Entrez Gene | 5352 | ||||||||||||||||||
UniGene | Hs.477866 | ||||||||||||||||||
RefSeq | NM_000935 NM_182943 XM_005247535 | ||||||||||||||||||
HUGO | HGNC:9082 | ||||||||||||||||||
OMIM | 601865 | ||||||||||||||||||
CCDS | CCDS3131 CCDS3132 | ||||||||||||||||||
HPRD | |||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||
EMBL | AB209879 AC092982 AC107021 AF085277 AK125700 AY026757 BC016834 BC037169 U84573 | ||||||||||||||||||
GenPept | AAB58363 AAD40977 AAH16834 AAH37169 AAK20119 BAD93116 BAG54235 | ||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | 5352 | ||||||||||||||||||