Bos taurus Gene: APOB | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-637535.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | APOB | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | Uncharacterized protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | APOB-100; ApoB(100) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Bos taurus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSBTAG00000008505 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
apolipoprotein B (including Ag(x) antigen)
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
This gene does not have any Entrez summary - the following is the summary from its human ortholog ENSG00000084674:
This gene product is the main apolipoprotein of chylomicrons and low density lipoproteins. It occurs in plasma as two main isoforms, apoB-48 and apoB-100: the former is synthesized exclusively in the gut and the latter in the liver. The intestinal and the hepatic forms of apoB are encoded by a single gene from a single, very long mRNA. The two isoforms share a common N-terminal sequence. The shorter apoB-48 protein is produced after RNA editing of the apoB-100 transcript at residue 2180 (CAA->UAA), resulting in the creation of a stop codon, and early translation termination. Mutations in this gene or its regulatory region cause hypobetalipoproteinemia, normotriglyceridemic hypobetalipoproteinemia, and hypercholesterolemia due to ligand-defective apoB, diseases affecting plasma cholesterol and apoB levels. [provided by RefSeq, Jul 2008] This gene product is the main apolipoprotein of chylomicrons and low density lipoproteins. It occurs in plasma as two main isoforms, apoB-48 and apoB-100: the former is synthesized exclusively in the gut and the latter in the liver. The intestinal and the hepatic forms of apoB are encoded by a single gene from a single, very long mRNA. The two isoforms share a common N-terminal sequence. The shorter apoB-48 protein is produced after RNA editing of the apoB-100 transcript at residue 2180 (CAA->UAA), resulting in the creation of a stop codon, and early translation termination. Mutations in this gene or its regulatory region cause hypobetalipoproteinemia, normotriglyceridemic hypobetalipoproteinemia, and hypercholesterolemia due to ligand-defective apoB, diseases affecting plasma cholesterol and apoB levels. [provided by RefSeq, Jul 2008] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 11:77953380-78040118 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Strand | Forward strand | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Band | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcripts |
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Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 0 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 27 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species
Homo sapiens
Mus musculus
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Gene ID
Gene Order
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Pathway Predictions based on Human Orthology Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
REACTOME |
Platelet sensitization by LDL pathway
Platelet homeostasis pathway
Cell surface interactions at the vascular wall pathway
Retinoid metabolism and transport pathway
Chylomicron-mediated lipid transport pathway
LDL-mediated lipid transport pathway
Transmembrane transport of small molecules pathway
Scavenging by Class H Receptors pathway
Metabolism of lipids and lipoproteins pathway
Scavenging by Class F Receptors pathway
Binding and Uptake of Ligands by Scavenger Receptors pathway
Signal Transduction pathway
Scavenging by Class A Receptors pathway
Orphan transporters pathway
Scavenging by Class B Receptors pathway
Diseases associated with visual transduction pathway
Visual phototransduction pathway
Lipoprotein metabolism pathway
Metabolism pathway
Lipid digestion, mobilization, and transport pathway
Disease pathway
Hemostasis pathway
Disease pathway
Platelet homeostasis pathway
Hemostasis pathway
Retinoid metabolism and transport pathway
LDL-mediated lipid transport pathway
Cell surface interactions at the vascular wall pathway
Metabolism pathway
Binding and Uptake of Ligands by Scavenger Receptors pathway
Metabolism of lipids and lipoproteins pathway
Scavenging by Class A Receptors pathway
Lipid digestion, mobilization, and transport pathway
Platelet sensitization by LDL pathway
Chylomicron-mediated lipid transport pathway
Lipoprotein metabolism pathway
Scavenging by Class F Receptors pathway
Visual phototransduction pathway
Signal Transduction pathway
Diseases associated with visual transduction pathway
Scavenging by Class H Receptors pathway
Scavenging by Class B Receptors pathway
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KEGG |
Fat digestion and absorption pathway
Fat digestion and absorption pathway
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INOH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PID NCI |
FOXA1 transcription factor network
amb2 Integrin signaling
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Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | E1BNR0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 494004 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Bt.110043 Bt.110463 Bt.110478 Bt.110587 Bt.61847 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | XM_005213090 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HUGO | HGNC:603 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | DAAA02031726 DAAA02031727 DAAA02031728 DAAA02031729 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | 494004 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||