Homo sapiens Gene: TARDBP | |||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-89123.6 | ||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | TARDBP | ||||||||||||||||||||||
Gene Name | TAR DNA binding protein | ||||||||||||||||||||||
Synonyms | ALS10; TDP-43 | ||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSG00000120948 | ||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
TAR DNA binding protein
TAR DNA binding protein
TAR DNA binding protein
TAR DNA binding protein
TAR DNA binding protein
TAR DNA binding protein
TAR DNA binding protein
TAR DNA binding protein
TAR DNA binding protein
TAR DNA binding protein
TAR DNA binding protein
TAR DNA binding protein
TAR DNA binding protein
TAR DNA binding protein
TAR DNA binding protein
TAR DNA binding protein
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||
Summary |
HIV-1, the causative agent of acquired immunodeficiency syndrome (AIDS), contains an RNA genome that produces a chromosomally integrated DNA during the replicative cycle. Activation of HIV-1 gene expression by the transactivator Tat is dependent on an RNA regulatory element (TAR) located downstream of the transcription initiation site. The protein encoded by this gene is a transcriptional repressor that binds to chromosomally integrated TAR DNA and represses HIV-1 transcription. In addition, this protein regulates alternate splicing of the CFTR gene. A similar pseudogene is present on chromosome 20. [provided by RefSeq, Jul 2008] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 1:11012344-11026420 | ||||||||||||||||||||||
Strand | Forward strand | ||||||||||||||||||||||
Band | p36.22 | ||||||||||||||||||||||
Transcripts | |||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 311 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 6 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||||
Species
Mus musculus
Bos taurus
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Gene ID
Gene Order
Not yet available
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Cross-References | |||||||||||||||||||||||
SwissProt | |||||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 23435 | ||||||||||||||||||||||
UniGene | |||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_007375 | ||||||||||||||||||||||
HUGO | HGNC:11571 | ||||||||||||||||||||||
OMIM | 605078 | ||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS122 | ||||||||||||||||||||||
HPRD | |||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||
EMBL | |||||||||||||||||||||||
GenPept | |||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | 23435 | ||||||||||||||||||||||