Mus musculus Protein: Pnpt1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Protein | IDBP-156502.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Pnpt1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Name | polyribonucleotide nucleotidyltransferase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | 1200003F12Rik; Old35; PNPase; Pnptl1; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Mus musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Protein | ENSMUSP00000020756 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-156498 (Pnpt1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Annotation | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Function | RNA-binding protein implicated in numerous RNA metabolic processes. Catalyzes the phosphorolysis of single-stranded polyribonucleotides processively in the 3'-to-5' direction. Mitochondrial intermembrane factor with RNA-processing exoribonulease activity. Component of the mitochondrial degradosome (mtEXO) complex, that degrades 3' overhang double- stranded RNA with a 3'-to-5' directionality in an ATP-dependent manner. Required for correct processing and polyadenylation of mitochondrial mRNAs. Plays a role as a cytoplasmic RNA import factor that mediates the translocation of small RNA components, like the 5S RNA, the RNA subunit of ribonuclease P and the mitochondrial RNA-processing (MRP) RNA, into the mitochondrial matrix. Plays a role in mitochondrial morphogenesis and respiration; regulates the expression of the electron transport chain (ETC) components at the mRNA and protein levels. In the cytoplasm, shows a 3'-to-5' exoribonuclease mediating mRNA degradation activity; degrades c-myc mRNA upon treatment with IFNB1/IFN-beta, resulting in a growth arrest in melanoma cells. Regulates the stability of specific mature miRNAs in melanoma cells; specifically and selectively degrades miR-221, preferentially. Plays also a role in RNA cell surveillance by cleaning up oxidized RNAs. Binds to the RNA subunit of ribonuclease P, MRP RNA and miR-221 microRNA. {ECO:0000269PubMed:20691904}. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Subcellular Localization | Cytoplasm {ECO:0000250}. Mitochondrion {ECO:0000250}. Mitochondrion intermembrane space {ECO:0000269PubMed:16966381}; Peripheral membrane protein {ECO:0000269PubMed:16966381}. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Disease Associations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue Specificity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 0 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 17 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Protein Structure and Domains | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PDB ID | MGI:1918951 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InterPro |
IPR001247
Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 IPR003029 Ribosomal protein S1, RNA-binding domain IPR004087 K Homology domain IPR004088 K Homology domain, type 1 IPR012162 Polyribonucleotide nucleotidyltransferase IPR012340 Nucleic acid-binding, OB-fold IPR015847 Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 IPR015848 Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain IPR020568 Ribosomal protein S5 domain 2-type fold IPR022967 RNA-binding domain, S1 |
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PFAM |
PF01138
PF00575 PF00013 PF13014 PF03725 PF03726 |
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PRINTS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PIRSF |
PIRSF005499
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SMART |
SM00322
SM00316 |
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TIGRFAMs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Post-translational Modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Modification | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | Q8K1R3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PhosphoSite | PhosphoSite-Q8K1R3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 71701 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Mm.211131 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NP_082145 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI ID | 1WHU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Symbol | Pnpt1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS24490 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | AF465249 AJ507387 AK004563 AK149419 BC027228 BC049283 BC055826 BX000351 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | AAH27228 AAH49283 AAH55826 AAO33354 BAB23374 BAE28862 CAD45436 CAI25081 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||