Homo sapiens Protein: XRCC6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Protein | IDBP-9325.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | XRCC6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Name | X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | CTC75; CTCBF; G22P1; KU70; ML8; TLAA; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Protein | ENSP00000352257 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-9323 (XRCC6) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Annotation | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Function | Single-stranded DNA-dependent ATP-dependent helicase. Has a role in chromosome translocation. The DNA helicase II complex binds preferentially to fork-like ends of double-stranded DNA in a cell cycle-dependent manner. It works in the 3'-5' direction. Binding to DNA may be mediated by XRCC6. Involved in DNA non-homologous end joining (NHEJ) required for double-strand break repair and V(D)J recombination. The XRCC5/6 dimer acts as regulatory subunit of the DNA-dependent protein kinase complex DNA-PK by increasing the affinity of the catalytic subunit PRKDC to DNA by 100-fold. The XRCC5/6 dimer is probably involved in stabilizing broken DNA ends and bringing them together. The assembly of the DNA-PK complex to DNA ends is required for the NHEJ ligation step. Required for osteocalcin gene expression. Probably also acts as a 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase (5'-dRP lyase), by catalyzing the beta-elimination of the 5' deoxyribose- 5-phosphate at an abasic site near double-strand breaks. 5'-dRP lyase activity allows to 'clean' the termini of abasic sites, a class of nucleotide damage commonly associated with strand breaks, before such broken ends can be joined. The XRCC5/6 dimer together with APEX1 acts as a negative regulator of transcription. {ECO:0000269PubMed:12145306, ECO:0000269PubMed:20383123, ECO:0000269PubMed:20493174, ECO:0000269PubMed:2466842, ECO:0000269PubMed:7957065, ECO:0000269PubMed:8621488, ECO:0000269PubMed:9742108}. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Subcellular Localization | Nucleus {ECO:0000269PubMed:22442688}. Chromosome {ECO:0000269PubMed:22442688}. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Disease Associations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue Specificity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 347 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 6 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Protein Structure and Domains | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PDB ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InterPro |
IPR002035
von Willebrand factor, type A IPR003034 SAP domain IPR005160 Ku70/Ku80 C-terminal arm IPR005161 Ku70/Ku80, N-terminal alpha/beta IPR006164 Ku70/Ku80 beta-barrel domain IPR006165 Ku70 IPR016194 SPOC like C-terminal domain |
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PFAM |
PF00092
PF02037 PF03730 PF03731 PF02735 |
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PRINTS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PIRSF |
PIRSF003033
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SMART |
SM00327
SM00513 SM00559 |
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TIGRFAMs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Post-translational Modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Modification | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | P12956 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PhosphoSite | PhosphoSite-P12956 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | F5H1I8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 2547 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Hs.730702 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NP_001275905 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HUGO | HGNC:4055 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | 152690 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS14021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | 01071 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | AY870329 BC008343 BC010034 BC012154 BC018259 BC072449 CH471095 CR542219 J04607 J04611 M32865 S38729 Z83840 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | AAA36155 AAA51733 AAA61177 AAB22381 AAH08343 AAH10034 AAH12154 AAH18259 AAH72449 AAW34364 CAB46206 CAG47015 EAW60446 EAW60447 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||