Homo sapiens Protein: KDM4A | |||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||
InnateDB Protein | IDBP-97514.6 | ||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | KDM4A | ||||||||||||||||||||||
Protein Name | lysine (K)-specific demethylase 4A | ||||||||||||||||||||||
Synonyms | JHDM3A; JMJD2; JMJD2A; TDRD14A; | ||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||
Ensembl Protein | ENSP00000361473 | ||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-97512 (KDM4A) | ||||||||||||||||||||||
Protein Structure | |||||||||||||||||||||||
UniProt Annotation | |||||||||||||||||||||||
Function | Histone demethylase that specifically demethylates 'Lys- 9' and 'Lys-36' residues of histone H3, thereby playing a central role in histone code. Does not demethylate histone H3 'Lys-4', H3 'Lys-27' nor H4 'Lys-20'. Demethylates trimethylated H3 'Lys-9' and H3 'Lys-36' residue, while it has no activity on mono- and dimethylated residues. Demethylation of Lys residue generates formaldehyde and succinate. Participates in transcriptional repression of ASCL2 and E2F-responsive promoters via the recruitment of histone deacetylases and NCOR1, respectively.Isoform 2: Crucial for muscle differentiation, promotes transcriptional activation of the Myog gene by directing the removal of repressive chromatin marks at its promoter. Lacks the N-terminal demethylase domain. | ||||||||||||||||||||||
Subcellular Localization | Nucleus {ECO:0000255PROSITE- ProRule:PRU00537, ECO:0000269PubMed:15927959, ECO:0000269PubMed:16024779}. | ||||||||||||||||||||||
Disease Associations | |||||||||||||||||||||||
Tissue Specificity | Ubiquitous. {ECO:0000269PubMed:15927959}. | ||||||||||||||||||||||
Comments | |||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 35 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 4 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Protein Structure and Domains | |||||||||||||||||||||||
PDB ID | |||||||||||||||||||||||
InterPro |
IPR001965
Zinc finger, PHD-type IPR002999 Tudor domain IPR003347 JmjC domain IPR003349 Transcription factor jumonji, JmjN IPR011011 Zinc finger, FYVE/PHD-type |
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PFAM |
PF00567
PF02373 PF08007 PF02375 |
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PRINTS | |||||||||||||||||||||||
PIRSF | |||||||||||||||||||||||
SMART |
SM00249
SM00333 SM00558 SM00545 |
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TIGRFAMs | |||||||||||||||||||||||
Post-translational Modifications | |||||||||||||||||||||||
Modification | |||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||
SwissProt | O75164 | ||||||||||||||||||||||
PhosphoSite | PhosphoSite-O75164 | ||||||||||||||||||||||
TrEMBL | B4DGH3 | ||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 9682 | ||||||||||||||||||||||
UniGene | Hs.620827 | ||||||||||||||||||||||
RefSeq | NP_055478 | ||||||||||||||||||||||
HUGO | HGNC:22978 | ||||||||||||||||||||||
OMIM | 609764 | ||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS491 | ||||||||||||||||||||||
HPRD | 17168 | ||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||
EMBL | AB014577 AC092815 AK294596 AL451062 BC002558 | ||||||||||||||||||||||
GenPept | AAH02558 BAA31652 BAG57784 CAH71021 | ||||||||||||||||||||||