Homo sapiens Gene: CLN3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-22402.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | CLN3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | ceroid-lipofuscinosis, neuronal 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSG00000188603 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
ceroid-lipofuscinosis, neuronal 3
ceroid-lipofuscinosis, neuronal 3
ceroid-lipofuscinosis, neuronal 3
ceroid-lipofuscinosis, neuronal 3
ceroid-lipofuscinosis, neuronal 3
ceroid-lipofuscinosis, neuronal 3
ceroid-lipofuscinosis, neuronal 3
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
This gene encodes a protein that is involved in lysosomal function. Mutations in this, as well as other neuronal ceroid-lipofuscinosis (CLN) genes, cause neurodegenerative diseases commonly known as Batten disease or collectively known as neuronal ceroid lipofuscinoses (NCLs). Many alternatively spliced transcript variants have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 16:28477279-28495575 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Strand | Reverse strand | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Band | p12.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcripts | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 89 experimentally validated interaction(s) in this database.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species
Mus musculus
Bos taurus
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Gene ID
Gene Order
Not yet available
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Pathways | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
REACTOME | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
KEGG |
Lysosome pathway
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INOH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PID NCI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | H3BQ48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 1201 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Hs.534667 Hs.739118 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_000086 NM_001042432 NM_001286104 NM_001286105 NM_001286110 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HUGO | HGNC:2074 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | 607042 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS10632 CCDS73852 CCDS73854 CCDS73855 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | 08450 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | AC138894 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | 1201 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||