Homo sapiens Gene: U2AF1 | |||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-4654.6 | ||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | U2AF1 | ||||||||||||||||||||||
Gene Name | U2 small nuclear RNA auxiliary factor 1 | ||||||||||||||||||||||
Synonyms | |||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSG00000160201 | ||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
U2 small nuclear RNA auxiliary factor 1
U2 small nuclear RNA auxiliary factor 1
U2 small nuclear RNA auxiliary factor 1
U2 small nuclear RNA auxiliary factor 1
U2 small nuclear RNA auxiliary factor 1
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||
Summary |
This gene belongs to the splicing factor SR family of genes. U2 auxiliary factor, comprising a large and a small subunit, is a non-snRNP protein required for the binding of U2 snRNP to the pre-mRNA branch site. This gene encodes the small subunit which plays a critical role in both constitutive and enhancer-dependent RNA splicing by directly mediating interactions between the large subunit and proteins bound to the enhancers. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been identified. [provided by RefSeq, Jul 2008] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 21:43092956-43107587 | ||||||||||||||||||||||
Strand | Reverse strand | ||||||||||||||||||||||
Band | q22.3 | ||||||||||||||||||||||
Transcripts | |||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 139 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 1 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||||
Species
Mus musculus
Bos taurus
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Gene ID
Gene Order
Not yet available
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Pathways | |||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||
REACTOME |
mRNA 3'-end processing pathway
mRNA Splicing - Major Pathway pathway
Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript pathway
Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA pathway
Cleavage of Growing Transcript in the Termination Region pathway
RNA Polymerase II Transcription Termination pathway
RNA Polymerase II Transcription pathway
Transport of Mature Transcript to Cytoplasm pathway
mRNA Splicing pathway
Gene Expression pathway
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KEGG |
Spliceosome pathway
Shigellosis pathway
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INOH | |||||||||||||||||||||||
PID NCI | |||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||
SwissProt | |||||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||
UniGene | Hs.597777 Hs.629181 Hs.687214 Hs.738829 | ||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_001025203 NM_001025204 NM_006758 XM_006723927 XM_006723928 XM_006723929 XM_006726798 XM_006726799 XM_006726800 | ||||||||||||||||||||||
HUGO | |||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS13694 CCDS33574 CCDS42948 | ||||||||||||||||||||||
HPRD | 01871 | ||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||
EMBL | |||||||||||||||||||||||
GenPept | |||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | |||||||||||||||||||||||