Mus musculus Protein: Snrpc | |||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||
InnateDB Protein | IDBP-157177.6 | ||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Snrpc | ||||||||||||||||||||||
Protein Name | U1 small nuclear ribonucleoprotein C | ||||||||||||||||||||||
Synonyms | Snrp1c; U1-C; U1C; | ||||||||||||||||||||||
Species | Mus musculus | ||||||||||||||||||||||
Ensembl Protein | ENSMUSP00000063976 | ||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-157175 (Snrpc) | ||||||||||||||||||||||
Protein Structure | |||||||||||||||||||||||
UniProt Annotation | |||||||||||||||||||||||
Function | Component of the spliceosomal U1 snRNP, which is essential for recognition of the pre-mRNA 5' splice-site and the subsequent assembly of the spliceosome. SNRPC/U1-C is directly involved in initial 5' splice-site recognition for both constitutive and regulated alternative splicing. The interaction with the 5' splice-site seems to precede base-pairing between the pre-mRNA and the U1 snRNA. Stimulates E complex formation by stabilizing the base pairing of the 5' end of the U1 snRNA and the 5' splice-site region (By similarity). {ECO:0000250}. | ||||||||||||||||||||||
Subcellular Localization | Nucleus. | ||||||||||||||||||||||
Disease Associations | |||||||||||||||||||||||
Tissue Specificity | Widely expressed. In the testis, expressed in somatic and germinal testicular cells but not in elongated spermatids. | ||||||||||||||||||||||
Comments | |||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 8 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 46 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Protein Structure and Domains | |||||||||||||||||||||||
PDB ID | MGI:109489 | ||||||||||||||||||||||
InterPro |
IPR000690
Zinc finger, C2H2-type matrin IPR003604 Zinc finger, U1-type IPR013085 Zinc finger, U1-C type IPR017340 U1 small nuclear ribonucleoprotein C |
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PFAM |
PF06220
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PRINTS | |||||||||||||||||||||||
PIRSF |
PIRSF037969
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SMART |
SM00451
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TIGRFAMs | |||||||||||||||||||||||
Post-translational Modifications | |||||||||||||||||||||||
Modification | |||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||
SwissProt | Q62241 | ||||||||||||||||||||||
PhosphoSite | PhosphoSite-Q62241 | ||||||||||||||||||||||
TrEMBL | Q569X3 | ||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 20630 | ||||||||||||||||||||||
UniGene | Mm.319455 | ||||||||||||||||||||||
RefSeq | NP_035562 | ||||||||||||||||||||||
MGI ID | |||||||||||||||||||||||
MGI Symbol | Snrpc | ||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS28570 | ||||||||||||||||||||||
HPRD | |||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||
EMBL | AK137213 AK168973 BC008243 BC092266 CH466606 U70315 X96767 | ||||||||||||||||||||||
GenPept | AAB08894 AAH08243 AAH92266 BAE23273 BAE40776 CAA65542 EDL22551 | ||||||||||||||||||||||