Mus musculus Protein: Kdm2b | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Protein | IDBP-198912.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Kdm2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Name | lysine (K)-specific demethylase 2B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | Cxxc2; E430001G17; Fbl10; Fbxl10; Jhdm1b; mKIAA3014; PCCX2; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Mus musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Protein | ENSMUSP00000038229 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-198910 (Kdm2b) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Annotation | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Function | Histone demethylase that demethylates 'Lys-4' and 'Lys- 36' of histone H3, thereby playing a central role in histone code. Preferentially demethylates trimethylated H3 'Lys-4' and dimethylated H3 'Lys-36' residue while it has weak or no activity for mono- and tri-methylated H3 'Lys-36'. Preferentially binds the transcribed region of ribosomal RNA and represses the transcription of ribosomal RNA genes which inhibits cell growth and proliferation. May also serve as a substrate-recognition component of the SCF (SKP1-CUL1-F-box protein)-type E3 ubiquitin ligase complex (By similarity). {ECO:0000250}. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Subcellular Localization | Nucleus, nucleolus {ECO:0000250}. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Disease Associations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue Specificity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 21 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 18 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Protein Structure and Domains | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PDB ID | MGI:1354737 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InterPro |
IPR001810
F-box domain IPR001965 Zinc finger, PHD-type IPR002857 Zinc finger, CXXC-type IPR003347 JmjC domain IPR006553 Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype IPR011011 Zinc finger, FYVE/PHD-type IPR019787 Zinc finger, PHD-finger |
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PFAM |
PF00646
PF12937 PF13013 PF02008 PF02373 PF08007 PF00628 |
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PRINTS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PIRSF | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART |
SM00256
SM00249 SM00558 SM00367 |
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TIGRFAMs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Post-translational Modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Modification | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | Q6P1G2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PhosphoSite | PhosphoSite-Q6P1G2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | D3YVU7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 30841 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Mm.86406 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NP_001003953 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Symbol | Kdm2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS39259 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | AC121564 AF176524 AK012952 AK043352 AK129479 BC057622 BC065090 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | AAF09133 AAH57622 AAH65090 BAB28568 BAC98289 BAE20639 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||