Homo sapiens Protein: PKD1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Protein | IDBP-364853.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | PKD1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Name | polycystic kidney disease 1 (autosomal dominant) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | PBP; Pc-1; TRPP1; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Protein | ENSP00000399501 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-9930 (PKD1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Annotation | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Function | Involved in renal tubulogenesis. Involved in fluid-flow mechanosensation by the primary cilium in renal epithelium. Acts as a regulator of cilium length, together with PKD2. The dynamic control of cilium length is essential in the regulation of mechanotransductive signaling. The cilium length response creates a negative feedback loop whereby fluid shear-mediated deflection of the primary cilium, which decreases intracellular cAMP, leads to cilium shortening and thus decreases flow-induced signaling (By similarity). May be an ion-channel regulator. Involved in adhesive protein-protein and protein-carbohydrate interactions. {ECO:0000250, ECO:0000269PubMed:12482949}. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Subcellular Localization | Membrane {ECO:0000269PubMed:20980620}; Multi-pass membrane protein {ECO:0000269PubMed:20980620}. Cell projection, cilium {ECO:0000250}. Note=PKD1 localization to the plasma and ciliary membranes requires PKD2, is independent of PKD2 channel activity, and involves stimulation of PKD1 autoproteolytic cleavage at the GPS domain. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Disease Associations | Polycystic kidney disease 1 (PKD1) [MIM:173900]: A disorder characterized by renal cysts, liver cysts and intracranial aneurysm. Clinical variability is due to differences in the rate of loss of glomerular filtration, the age of reaching end-stage renal disease and the occurrence of hypertension, symptomatic extrarenal cysts, and subarachnoid hemorrhage from intracranial 'berry' aneurysm. {ECO:0000269PubMed:10200984, ECO:0000269PubMed:10364515, ECO:0000269PubMed:10577909, ECO:0000269PubMed:10647901, ECO:0000269PubMed:10729710, ECO:0000269PubMed:10854095, ECO:0000269PubMed:10923040, ECO:0000269PubMed:10987650, ECO:0000269PubMed:11012875, ECO:0000269PubMed:11058904, ECO:0000269PubMed:11115377, ECO:0000269PubMed:11216660, ECO:0000269PubMed:11316854, ECO:0000269PubMed:11558899, ECO:0000269PubMed:11571556, ECO:0000269PubMed:11691639, ECO:0000269PubMed:11773467, ECO:0000269PubMed:11857740, ECO:0000269PubMed:11967008, ECO:0000269PubMed:12007219, ECO:0000269PubMed:12070253, ECO:0000269PubMed:12220456, ECO:0000269PubMed:12842373, ECO:0000269PubMed:15772804, ECO:0000269PubMed:18837007, ECO:0000269PubMed:21115670, ECO:0000269PubMed:22508176, ECO:0000269PubMed:8554072, ECO:0000269PubMed:9199561, ECO:0000269PubMed:9259200, ECO:0000269PubMed:9285784, ECO:0000269PubMed:9521593, ECO:0000269PubMed:9921908}. Note=The disease is caused by mutations affecting the gene represented in this entry. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue Specificity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 32 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 4 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Protein Structure and Domains | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PDB ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InterPro |
IPR000203
GPS motif IPR000372 Leucine-rich repeat-containing N-terminal IPR000434 Polycystic kidney disease type 1 protein IPR000483 Cysteine-rich flanking region, C-terminal IPR000601 PKD domain IPR001024 PLAT/LH2 domain IPR001304 C-type lectin IPR002859 PKD/REJ-like protein IPR002889 Carbohydrate-binding WSC IPR003591 Leucine-rich repeat, typical subtype IPR006228 Polycystin cation channel IPR008976 Lipase/lipooxygenase, PLAT/LH2 IPR009016 Iron hydrogenase IPR013122 Polycystin cation channel, PKD1/PKD2 IPR013994 Carbohydrate-binding WSC, subgroup IPR014010 Egg jelly receptor, REJ-like IPR016187 C-type lectin fold IPR022409 PKD/Chitinase domain |
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PFAM |
PF01825
PF01462 PF01463 PF00801 PF01477 PF00059 PF02010 PF01822 PF08016 |
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PRINTS |
PR00500
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PIRSF | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART |
SM00303
SM00013 SM00082 SM00308 SM00034 SM00369 SM00321 SM00089 |
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TIGRFAMs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Post-translational Modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Modification | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | P98161 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PhosphoSite | PhosphoSite-P98161 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 5310 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Hs.75813 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NP_000287 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HUGO | HGNC:9008 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | 601313 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS45385 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | 03203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | AC009065 AC093513 L33243 L43601 L43602 L43604 L43605 L43610 L43617 L43618 L43619 U24497 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | AAC37576 AAC41765 AAC50128 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||