Homo sapiens Protein: SUPT6H | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Protein | IDBP-37225.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | SUPT6H | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Name | suppressor of Ty 6 homolog (S. cerevisiae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | emb-5; SPT6; SPT6H; | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Protein | ENSP00000338143 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-37221 (SUPT6H) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Annotation | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Function | Transcription elongation factor which binds histone H3 and plays a key role in the regulation of transcription elongation and mRNA processing. Enhances the transcription elongation by RNA polymerase II (RNAPII) and is also required for the efficient activation of transcriptional elongation by the HIV-1 nuclear transcriptional activator, Tat. Besides chaperoning histones in transcription, acts to transport and splice mRNA by forming a complex with IWS1 and the C-terminal domain (CTD) of the RNAPII subunit RPB1 (POLR2A). The SUPT6H:IWS1:CTD complex recruits mRNA export factors (ALYREF/THOC4, EXOSC10) as well as histone modifying enzymes (such as SETD2), to ensure proper mRNA splicing, efficient mRNA export and elongation-coupled H3K36 methylation, a signature chromatin mark of active transcription. SUPT6H via its association with SETD1A, regulates both class-switch recombination and somatic hypermutation through formation of H3K4me3 epigenetic marks on activation-induced cytidine deaminase (AICDA) target loci. Promotes the activation of the myogenic gene program by entailing erasure of the repressive H3K27me3 epigenetic mark through stabilization of the chromatin interaction of the H3K27 demethylase KDM6A. {ECO:0000269PubMed:15060154, ECO:0000269PubMed:17234882, ECO:0000269PubMed:22316138, ECO:0000269PubMed:23503590, ECO:0000269PubMed:9514752}. | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Subcellular Localization | Nucleus {ECO:0000305}. | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Disease Associations | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue Specificity | Ubiquitously expressed. | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 31 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 1 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Protein Structure and Domains | |||||||||||||||||||||||||||||||||
PDB ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||
InterPro |
IPR000980
SH2 domain IPR003029 Ribosomal protein S1, RNA-binding domain IPR006641 YqgF/RNase H-like domain IPR012340 Nucleic acid-binding, OB-fold IPR017072 Transcription elongation factor Spt6 IPR022967 RNA-binding domain, S1 |
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PFAM |
PF00017
PF14633 PF00575 |
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PRINTS |
PR00401
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PIRSF |
PIRSF036947
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SMART |
SM00252
SM00732 SM00316 |
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TIGRFAMs | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Post-translational Modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Modification | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | Q7KZ85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
PhosphoSite | PhosphoSite-Q7KZ85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | J3QS64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 6830 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Hs.735114 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | |||||||||||||||||||||||||||||||||
HUGO | HGNC:11470 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | 601333 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS32596 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | 03211 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | AC010761 AF070532 BC003692 BC003696 BC017105 BC033074 BC073963 BC136522 BC136524 BC150268 CH471159 D79984 U38623 U38658 U46691 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | AAB18949 AAC28631 AAC50821 AAC99996 AAH03692 AAH03696 AAH17105 AAH33074 AAH73963 AAI36523 AAI36525 AAI50269 BAA11479 EAW51117 | ||||||||||||||||||||||||||||||||