Homo sapiens Protein: VIM | |||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||
InnateDB Protein | IDBP-583426.3 | ||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | VIM | ||||||||||||||||||||||||
Protein Name | vimentin | ||||||||||||||||||||||||
Synonyms | CTRCT30; HEL113; | ||||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||||
Ensembl Protein | ENSP00000446007 | ||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-58574 (VIM) | ||||||||||||||||||||||||
Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||
UniProt Annotation | |||||||||||||||||||||||||
Function | Vimentins are class-III intermediate filaments found in various non-epithelial cells, especially mesenchymal cells. Vimentin is attached to the nucleus, endoplasmic reticulum, and mitochondria, either laterally or terminally. {ECO:0000269PubMed:21746880}.Involved with LARP6 in the stabilization of type I collagen mRNAs for CO1A1 and CO1A2. {ECO:0000269PubMed:21746880}. | ||||||||||||||||||||||||
Subcellular Localization | Cytoplasm {ECO:0000269PubMed:21465480}. | ||||||||||||||||||||||||
Disease Associations | Cataract 30 (CTRCT30) [MIM:116300]: An opacification of the crystalline lens of the eye that frequently results in visual impairment or blindness. Opacities vary in morphology, are often confined to a portion of the lens, and may be static or progressive. In general, the more posteriorly located and dense an opacity, the greater the impact on visual function. Note=The disease is caused by mutations affecting the gene represented in this entry. | ||||||||||||||||||||||||
Tissue Specificity | Highly expressed in fibroblasts, some expression in T- and B-lymphocytes, and little or no expression in Burkitt's lymphoma cell lines. Expressed in many hormone- independent mammary carcinoma cell lines. {ECO:0000269PubMed:2472876, ECO:0000269PubMed:3371665}. | ||||||||||||||||||||||||
Comments | |||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 278 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 14 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Protein Structure and Domains | |||||||||||||||||||||||||
PDB ID | |||||||||||||||||||||||||
InterPro |
IPR001664
Intermediate filament protein IPR006821 Intermediate filament head, DNA-binding domain IPR009053 Prefoldin |
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PFAM |
PF00038
PF04732 |
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PRINTS | |||||||||||||||||||||||||
PIRSF | |||||||||||||||||||||||||
SMART | |||||||||||||||||||||||||
TIGRFAMs | |||||||||||||||||||||||||
Post-translational Modifications | |||||||||||||||||||||||||
Modification | |||||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||||
SwissProt | P08670 | ||||||||||||||||||||||||
PhosphoSite | PhosphoSite-P08670 | ||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | V9HWE1 | ||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 7431 | ||||||||||||||||||||||||
UniGene | Hs.455493 | ||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NP_003371 | ||||||||||||||||||||||||
HUGO | HGNC:12692 | ||||||||||||||||||||||||
OMIM | 193060 | ||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS7120 | ||||||||||||||||||||||||
HPRD | 01899 | ||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||
EMBL | AF328728 AK056766 AK097336 AK222507 AK222602 AK290643 AL133415 BC000163 BC030573 BC066956 CH471072 CR407690 EF445046 EU794672 M14144 M18888 M18889 M18890 M18891 M18892 M18893 M18894 M18895 M25246 X16478 X56134 Z19554 | ||||||||||||||||||||||||
GenPept | AAA61279 AAA61281 AAA61282 AAH00163 AAH30573 AAH66956 AAN09720 ACA06101 ACA06102 ACJ13726 BAB71275 BAC05002 BAD96227 BAD96322 BAF83332 CAA34499 CAA39600 CAA79613 CAB87963 CAG28618 EAW86215 EAW86216 | ||||||||||||||||||||||||