Homo sapiens Protein: VCP | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Protein | IDBP-61419.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | VCP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Name | valosin containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | ALS14; HEL-220; HEL-S-70; IBMPFD; IBMPFD1; p97; TERA; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Protein | ENSP00000351777 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-61415 (VCP) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Annotation | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Function | Necessary for the fragmentation of Golgi stacks during mitosis and for their reassembly after mitosis. Involved in the formation of the transitional endoplasmic reticulum (tER). The transfer of membranes from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus occurs via 50-70 nm transition vesicles which derive from part-rough, part-smooth transitional elements of the endoplasmic reticulum (tER). Vesicle budding from the tER is an ATP-dependent process. The ternary complex containing UFD1L, VCP and NPLOC4 binds ubiquitinated proteins and is necessary for the export of misfolded proteins from the ER to the cytoplasm, where they are degraded by the proteasome. The NPLOC4-UFD1L-VCP complex regulates spindle disassembly at the end of mitosis and is necessary for the formation of a closed nuclear envelope. Regulates E3 ubiquitin-protein ligase activity of RNF19A (By similarity). Component of the VCP/p97-AMFR/gp78 complex that participates in the final step of the sterol-mediated ubiquitination and endoplasmic reticulum-associated degradation (ERAD) of HMGCR. Also involved in DNA damage response: recruited to double-strand breaks (DSBs) sites in a RNF8- and RNF168- dependent manner and promotes the recruitment of TP53BP1 at DNA damage sites. Recruited to stalled replication forks by SPRTN: may act by mediating extraction of DNA polymerase eta (POLH) to prevent excessive translesion DNA synthesis and limit the incidence of mutations induced by DNA damage. {ECO:0000250, ECO:0000269PubMed:15456787, ECO:0000269PubMed:16168377, ECO:0000269PubMed:22020440, ECO:0000269PubMed:22120668, ECO:0000269PubMed:22607976, ECO:0000269PubMed:23042605, ECO:0000269PubMed:23042607}. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Subcellular Localization | Cytoplasm, cytosol. Endoplasmic reticulum. Nucleus. Note=Present in the neuronal hyaline inclusion bodies specifically found in motor neurons from amyotrophic lateral sclerosis patients. Present in the Lewy bodies specifically found in neurons from Parkinson disease patients. Recruited to the cytoplasmic surface of the endoplasmic reticulum via interaction with AMFR/gp78. Following DNA double-strand breaks, recruited to the sites of damage. Recruited to stalled replication forks via interaction with SPRTN. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Disease Associations | Inclusion body myopathy with early-onset Paget disease with or without frontotemporal dementia 1 (IBMPFD1) [MIM:167320]: An autosomal dominant disease characterized by disabling muscle weakness clinically resembling to limb girdle muscular dystrophy, osteolytic bone lesions consistent with Paget disease, and premature frontotemporal dementia. Clinical features show incomplete penetrance. {ECO:0000269PubMed:15034582, ECO:0000269PubMed:15732117, ECO:0000269PubMed:16247064}. Note=The disease is caused by mutations affecting the gene represented in this entry.Amyotrophic lateral sclerosis 14, with or without frontotemporal dementia (ALS14) [MIM:613954]: A neurodegenerative disorder affecting upper motor neurons in the brain and lower motor neurons in the brain stem and spinal cord, resulting in fatal paralysis. Sensory abnormalities are absent. The pathologic hallmarks of the disease include pallor of the corticospinal tract due to loss of motor neurons, presence of ubiquitin-positive inclusions within surviving motor neurons, and deposition of pathologic aggregates. The etiology of amyotrophic lateral sclerosis is likely to be multifactorial, involving both genetic and environmental factors. The disease is inherited in 5-10% of the cases. Patients with ALS14 may develop frontotemporal dementia. {ECO:0000269PubMed:21145000}. Note=The disease is caused by mutations affecting the gene represented in this entry. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue Specificity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 644 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 36 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Protein Structure and Domains | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PDB ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InterPro |
IPR003338
CDC48, N-terminal subdomain IPR003593 AAA+ ATPase domain IPR003959 ATPase, AAA-type, core IPR004201 CDC48, domain 2 IPR005938 AAA ATPase, CDC48 family IPR008824 DNA helicase, Holliday junction RuvB type, N-terminal IPR009010 Aspartate decarboxylase-like domain IPR011704 ATPase, dynein-related, AAA domain IPR015415 Vps4 oligomerisation, C-terminal IPR027417 P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase IPR029067 CDC48 domain 2-like |
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PFAM |
PF02359
PF00004 PF07724 PF13304 PF02933 PF05496 PF07728 PF09336 |
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PRINTS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PIRSF | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART |
SM01073
SM00382 SM01072 |
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TIGRFAMs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Post-translational Modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Modification | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | P55072 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PhosphoSite | PhosphoSite-P55072 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | V9HW80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 7415 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Hs.617372 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NP_009057 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HUGO | HGNC:12666 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | 601023 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS6573 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | 03013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | AC004472 AF100752 AK312310 AL137377 AL353795 BC007562 BC110913 BC121794 BC122550 CH471071 FJ224344 FJ224352 Z70768 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | AAC07984 AAD43016 AAH07562 AAI10914 AAI21795 AAI22551 ACI46036 ACI46044 BAG35235 CAA94809 CAB70717 CAH70993 EAW58404 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||