Homo sapiens Protein: PKD2L1 | |||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Protein | IDBP-86422.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | PKD2L1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Name | polycystic kidney disease 2-like 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | PCL; PKD2L; PKDL; TRPP3; | ||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Protein | ENSP00000325296 | ||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-86420 (PKD2L1) | ||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Annotation | |||||||||||||||||||||||||||||||
Function | Pore-forming subunit of a ciliary calcium channel that controls calcium concentration within primary cilia without affecting cytoplasmic calcium concentration. Forms a heterodimer with PKD1L1 in primary cilia and forms a calcium-permeant ciliary channel that regulates sonic hedgehog/SHH signaling and GLI2 transcription. May act as a sour taste receptor by forming a calcium channel with PKD1L3 in gustatory cells; however, its contribution to sour taste perception is unclear in vivo and may be indirect. {ECO:0000269PubMed:10517637, ECO:0000269PubMed:19812697, ECO:0000269PubMed:23212381, ECO:0000269PubMed:24336289}. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Subcellular Localization | Cell projection, cilium membrane; Multi-pass membrane protein. Cell membrane; Multi-pass membrane protein. Endoplasmic reticulum {ECO:0000250}. Note=Interaction with PKD1 or PKD1L3 is required for localization to the cell membrane. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Disease Associations | |||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue Specificity | Expressed in adult heart, skeletal muscle, brain, spleen, testis, retina and liver. According to PubMed:9748274, expressed at high levels in fetal tissues, including kidney and liver, and down-regulated in adult tissues. According to PubMed:10602361, expressed in fetal brain, but not expressed in fetal lung, liver or kidney. Isoform 4 appears to be expressed only in transformed lymphoblasts. {ECO:0000269PubMed:10602361, ECO:0000269PubMed:9748274}. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 4 experimentally validated interaction(s) in this database.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Protein Structure and Domains | |||||||||||||||||||||||||||||||
PDB ID | |||||||||||||||||||||||||||||||
InterPro |
IPR000434
Polycystic kidney disease type 1 protein IPR003915 Polycystic kidney disease type 2 protein IPR005821 Ion transport domain IPR013122 Polycystin cation channel, PKD1/PKD2 |
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PFAM |
PF00520
PF08016 |
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PRINTS |
PR00500
PR01433 |
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PIRSF | |||||||||||||||||||||||||||||||
SMART | |||||||||||||||||||||||||||||||
TIGRFAMs | |||||||||||||||||||||||||||||||
Post-translational Modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||
Modification | |||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | Q9P0L9 | ||||||||||||||||||||||||||||||
PhosphoSite | PhosphoSite-Q9P0L9 | ||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 9033 | ||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Hs.159241 | ||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NP_057196 | ||||||||||||||||||||||||||||||
HUGO | HGNC:9011 | ||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | 604532 | ||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS7492 | ||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | 16063 | ||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | AF053316 AF073481 AF094827 AF153459 AF153460 AF153461 AF153462 AF153463 AF153464 AF153465 AF153466 AF153467 AF153468 AF153469 AF153470 AF153471 AF153472 AF153473 AF153474 AL139819 BC025665 CH471066 | ||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | AAD08695 AAD41638 AAD51859 AAF28108 AAH25665 CAH72822 EAW49833 | ||||||||||||||||||||||||||||||