Version 5.4
| Mus musculus Gene: Sptlc3 | |||||||||||||||||||
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| Summary | |||||||||||||||||||
| InnateDB Gene | IDBG-207998.6 | ||||||||||||||||||
| Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||
| Gene Symbol | Sptlc3 | ||||||||||||||||||
| Gene Name | serine palmitoyltransferase, long chain base subunit 3 | ||||||||||||||||||
| Synonyms | |||||||||||||||||||
| Species | Mus musculus | ||||||||||||||||||
| Ensembl Gene | ENSMUSG00000039092 | ||||||||||||||||||
| Encoded Proteins |
serine palmitoyltransferase, long chain base subunit 3
serine palmitoyltransferase, long chain base subunit 3
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| Protein Structure |
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| Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||
| Entrez Gene | |||||||||||||||||||
| Summary |
This gene does not have any Entrez summary - the following is the summary from its human ortholog ENSG00000172296:
The SPTLC3 gene encodes an isoform of the third subunit of serine palmitoyltransferase (SPT; EC 2.3.1.50), which catalyzes the rate-limiting step of the de novo synthesis of sphingolipids (Hornemann et al., 2006 [PubMed 17023427]). SPT contains 2 main subunits: the common SPTLC1 subunit (MIM 605712) and either SPTLC2 (MIM 605713) or its isoform SPTLC2L (SPTLC3), depending on the tissue in which biosynthesis occurs (Hornemann et al., 2006 [PubMed 17023427]). There are also 2 highly related isoforms of a third subunit, SSSPTA (MIM 613540) and SSSPTB (MIM 610412), that confer acyl-CoA preference of the SPT enzyme and are essential for maximal enzyme activity (Han et al., 2009 [PubMed 19416851]).[supplied by OMIM, Nov 2010] |
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| Gene Information | |||||||||||||||||||
| Type | Protein coding | ||||||||||||||||||
| Genomic Location | Chromosome 2:139493913-139637674 | ||||||||||||||||||
| Strand | Forward strand | ||||||||||||||||||
| Band | F3 | ||||||||||||||||||
| Transcripts |
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| Interactions | |||||||||||||||||||
| Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 1 experimentally validated interaction(s) in this database.
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| Gene Ontology | |||||||||||||||||||
Molecular Function |
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| Biological Process |
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| Cellular Component |
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| Orthologs | |||||||||||||||||||
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Species
Homo sapiens
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Gene ID
Gene Order
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| Pathways | |||||||||||||||||||
| NETPATH | |||||||||||||||||||
| REACTOME |
Sphingolipid de novo biosynthesis pathway
Metabolism pathway
Sphingolipid metabolism pathway
Metabolism of lipids and lipoproteins pathway
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| KEGG |
Sphingolipid metabolism pathway
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| INOH | |||||||||||||||||||
| PID NCI | |||||||||||||||||||
| Pathway Predictions based on Human Orthology Data | |||||||||||||||||||
| NETPATH | |||||||||||||||||||
| REACTOME |
Sphingolipid de novo biosynthesis pathway
Sphingolipid metabolism pathway
Metabolism of lipids and lipoproteins pathway
Metabolism pathway
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| KEGG |
Sphingolipid metabolism pathway
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| INOH | |||||||||||||||||||
| PID NCI | |||||||||||||||||||
| Cross-References | |||||||||||||||||||
| SwissProt | Q8BG54 | ||||||||||||||||||
| TrEMBL | |||||||||||||||||||
| UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||
| Entrez Gene | 228677 | ||||||||||||||||||
| UniGene | Mm.100450 | ||||||||||||||||||
| RefSeq | XM_006499295 NM_175467 | ||||||||||||||||||
| OMIM | |||||||||||||||||||
| CCDS | CCDS16800 | ||||||||||||||||||
| HPRD | |||||||||||||||||||
| IMGT | |||||||||||||||||||
| MGI ID | MGI:2444678 | ||||||||||||||||||
| MGI Symbol | Sptlc3 | ||||||||||||||||||
| EMBL | AK048374 AK054240 AK078679 AK078686 AL928899 BC094496 | ||||||||||||||||||
| GenPept | AAH94496 BAC33316 BAC35701 BAC37356 BAC37359 CAM21721 | ||||||||||||||||||
| RNA Seq Atlas | 228677 | ||||||||||||||||||