Bos taurus Gene: SMARCA4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-643433.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | SMARCA4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | bta-mir-2882 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | BAF190A; BRG1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Bos taurus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSBTAG00000019220 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
Transcription activator BRG1
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Annotation from Orthologs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
[Homo sapiens] A member of the SWI/SNF family of proteins and is essential for the multiple changes in gene expression that occur during differentiation
[Homo sapiens] Required for maintaining expression of several smooth muscle-specific genes
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Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
This gene does not have any Entrez summary - the following is the summary from its human ortholog ENSG00000127616:
The protein encoded by this gene is a member of the SWI/SNF family of proteins and is similar to the brahma protein of Drosophila. Members of this family have helicase and ATPase activities and are thought to regulate transcription of certain genes by altering the chromatin structure around those genes. The encoded protein is part of the large ATP-dependent chromatin remodeling complex SNF/SWI, which is required for transcriptional activation of genes normally repressed by chromatin. In addition, this protein can bind BRCA1, as well as regulate the expression of the tumorigenic protein CD44. Mutations in this gene cause rhabdoid tumor predisposition syndrome type 2. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, May 2012] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 7:16648313-16738471 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Strand | Forward strand | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Band | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcripts |
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Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 0 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 238 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species
Homo sapiens
Mus musculus
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Gene ID
Gene Order
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Pathways | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
REACTOME |
Signaling by Wnt pathway
Signaling by WNT in cancer pathway
TCF dependent signaling in response to WNT pathway
misspliced LRP5 mutants have enhanced beta-catenin-dependent signaling pathway
Chromatin organization pathway
XAV939 inhibits tankyrase, stabilizing AXIN pathway
Signal Transduction pathway
RNF mutants show enhanced WNT signaling and proliferation pathway
RMTs methylate histone arginines pathway
formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex pathway
Disease pathway
Chromatin modifying enzymes pathway
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KEGG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
INOH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PID NCI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pathway Predictions based on Human Orthology Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NETPATH |
TNFalpha pathway
RANKL pathway
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REACTOME |
misspliced LRP5 mutants have enhanced beta-catenin-dependent signaling pathway
Signaling by WNT in cancer pathway
Signaling by Wnt pathway
Signal Transduction pathway
TCF dependent signaling in response to WNT pathway
Chromatin organization pathway
RMTs methylate histone arginines pathway
Chromatin modifying enzymes pathway
RNF mutants show enhanced WNT signaling and proliferation pathway
formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex pathway
XAV939 inhibits tankyrase, stabilizing AXIN pathway
Disease pathway
Chromatin organization pathway
Disease pathway
Signaling by Wnt pathway
Signaling by WNT in cancer pathway
Chromatin modifying enzymes pathway
formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex pathway
misspliced LRP5 mutants have enhanced beta-catenin-dependent signaling pathway
RNF mutants show enhanced WNT signaling and proliferation pathway
TCF dependent signaling in response to WNT pathway
RMTs methylate histone arginines pathway
Signal Transduction pathway
XAV939 inhibits tankyrase, stabilizing AXIN pathway
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KEGG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
INOH |
Wnt signaling pathway pathway
TGF-beta signaling pathway
BMP2 signaling pathway
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PID NCI |
Regulation of retinoblastoma protein
Validated nuclear estrogen receptor beta network
Direct p53 effectors
Regulation of nuclear beta catenin signaling and target gene transcription
Glucocorticoid receptor regulatory network
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Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | A7Z019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | F1MJ46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 414274 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Bt.27590 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_001105614 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HUGO | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | BC153216 DAAA02019479 DAAA02019480 DAAA02019481 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | AAI53217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | 414274 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||