Mus musculus Protein: Parn | |||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||
InnateDB Protein | IDBP-133817.6 | ||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Parn | ||||||||||||||||||||||
Protein Name | poly(A)-specific ribonuclease (deadenylation nuclease) | ||||||||||||||||||||||
Synonyms | 1200003I18Rik; DAN; | ||||||||||||||||||||||
Species | Mus musculus | ||||||||||||||||||||||
Ensembl Protein | ENSMUSP00000055969 | ||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-133815 (Parn) | ||||||||||||||||||||||
Protein Structure | |||||||||||||||||||||||
UniProt Annotation | |||||||||||||||||||||||
Function | 3'-exoribonuclease that has a preference for poly(A) tails of mRNAs, thereby efficiently degrading poly(A) tails. Exonucleolytic degradation of the poly(A) tail is often the first step in the decay of eukaryotic mRNAs and is also used to silence certain maternal mRNAs translationally during oocyte maturation and early embryonic development. Interacts with both the 3'-end poly(A) tail and the 5'-end cap structure during degradation, the interaction with the cap structure being required for an efficient degradation of poly(A) tails. Involved in nonsense-mediated mRNA decay, a critical process of selective degradation of mRNAs that contain premature stop codons. Also involved in degradation of inherently unstable mRNAs that contain AU-rich elements (AREs) in their 3'-UTR, possibly via its interaction with KHSRP. Probably mediates the removal of poly(A) tails of AREs mRNAs, which constitutes the first step of destabilization (By similarity). {ECO:0000250}. | ||||||||||||||||||||||
Subcellular Localization | Nucleus. Cytoplasm. Nucleus, nucleolus. Note=Some nuclear fraction is nucleolar. | ||||||||||||||||||||||
Disease Associations | |||||||||||||||||||||||
Tissue Specificity | |||||||||||||||||||||||
Comments | |||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 2 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 13 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Protein Structure and Domains | |||||||||||||||||||||||
PDB ID | MGI:1921358 | ||||||||||||||||||||||
InterPro |
IPR001374
Single-stranded nucleic acid binding R3H IPR006941 Ribonuclease CAF1 IPR012337 Ribonuclease H-like domain IPR014789 Poly(A)-specific ribonuclease, RNA-binding |
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PFAM |
PF01424
PF04857 PF08675 |
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PRINTS | |||||||||||||||||||||||
PIRSF | |||||||||||||||||||||||
SMART |
SM00393
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TIGRFAMs | |||||||||||||||||||||||
Post-translational Modifications | |||||||||||||||||||||||
Modification | |||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||
SwissProt | Q8VDG3 | ||||||||||||||||||||||
PhosphoSite | PhosphoSite-Q8VDG3 | ||||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 74108 | ||||||||||||||||||||||
UniGene | Mm.182350 | ||||||||||||||||||||||
RefSeq | NP_083037 | ||||||||||||||||||||||
MGI ID | 3D45 | ||||||||||||||||||||||
MGI Symbol | Parn | ||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS37259 | ||||||||||||||||||||||
HPRD | |||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||
EMBL | AK004572 AK045181 BC021899 | ||||||||||||||||||||||
GenPept | AAH21899 BAB23382 BAC32249 | ||||||||||||||||||||||