Homo sapiens Protein: HMGB1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Protein | IDBP-21102.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | HMGB1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Name | high mobility group box 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | HMG1; HMG3; SBP-1; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Protein | ENSP00000345347 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-21100 (HMGB1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Annotation | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Function | DNA binding proteins that associates with chromatin and has the ability to bend DNA. Binds preferentially single-stranded DNA. Involved in V(D)J recombination by acting as a cofactor of the RAG complex. Acts by stimulating cleavage and RAG protein binding at the 23 bp spacer of conserved recombination signal sequences (RSS). Heparin-binding protein that has a role in the extension of neurite-type cytoplasmic processes in developing cells (By similarity). {ECO:0000250}. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Subcellular Localization | Nucleus. Chromosome. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Disease Associations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue Specificity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 82 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 12 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Protein Structure and Domains | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PDB ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InterPro |
IPR009071
High mobility group box domain |
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PFAM |
PF00505
PF09011 |
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PRINTS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PIRSF | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART |
SM00398
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TIGRFAMs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Post-translational Modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Modification | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | P09429 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PhosphoSite | PhosphoSite-P09429 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | Q9NYD7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 3146 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Hs.717965 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NP_002119 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HUGO | HGNC:4983 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | 163905 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS9335 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | 01228 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | AF255609 AF281043 AK122825 AK291494 AL138681 AL353648 AY377859 BC003378 BC030981 BC066889 BC067732 BC141844 BT006940 BT020159 CH471075 CR456863 CR749614 D63874 EF157968 EU012027 U51677 X12597 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | AAB08987 AAF71287 AAH03378 AAH30981 AAH66889 AAH67732 AAI41845 AAK64599 AAP35586 AAQ91389 AAV38961 ABM47301 ABS29271 BAA09924 BAF84183 BAG53745 CAA31110 CAG33144 CAH18408 CAI15600 EAX08457 EAX08459 EAX08460 EAX08461 EAX08462 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||