Homo sapiens Protein: PABPC1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Protein | IDBP-30849.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | PABPC1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Name | poly(A) binding protein, cytoplasmic 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Protein | ENSP00000313007 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-30847 (PABPC1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Annotation | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Function | Binds the poly(A) tail of mRNA, including that of its own transcript. May be involved in cytoplasmic regulatory processes of mRNA metabolism such as pre-mRNA splicing. Its function in translational initiation regulation can either be enhanced by PAIP1 or repressed by PAIP2. Can probably bind to cytoplasmic RNA sequences other than poly(A) in vivo. Involved in translationally coupled mRNA turnover. Implicated with other RNA- binding proteins in the cytoplasmic deadenylation/translational and decay interplay of the FOS mRNA mediated by the major coding- region determinant of instability (mCRD) domain. Involved in regulation of nonsense-mediated decay (NMD) of mRNAs containing premature stop codons; for the recognition of premature termination codons (PTC) and initiation of NMD a competitive interaction between UPF1 and PABPC1 with the ribosome-bound release factors is proposed. {ECO:0000269PubMed:11051545, ECO:0000269PubMed:17212783, ECO:0000269PubMed:18447585, ECO:0000269PubMed:20573744}. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Subcellular Localization | Cytoplasm. Nucleus. Note=Localized in cytoplasmic mRNP granules containing untranslated mRNAs. Shuttles between the cytoplasm and the nucleus. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Disease Associations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue Specificity | Ubiquitous. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 242 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 8 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Protein Structure and Domains | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
PDB ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
InterPro |
IPR000504
RNA recognition motif domain IPR002004 Polyadenylate-binding protein/Hyperplastic disc protein IPR003954 RNA recognition motif domain, eukaryote IPR006515 Polyadenylate binding protein, human types 1, 2, 3, 4 |
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PFAM |
PF00076
PF00658 |
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PRINTS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
PIRSF | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART |
SM00360
SM00517 SM00361 |
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TIGRFAMs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Post-translational Modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Modification | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | P11940 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
PhosphoSite | PhosphoSite-P11940 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | H0YB75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 26986 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Hs.735874 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NP_002559 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
HUGO | HGNC:8554 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | 604679 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS6289 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | 05247 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | AP001205 BC015958 BC023520 CH471060 U68093 U68094 U68095 U68097 U68098 U68099 U68100 U68101 U68102 U68103 U68104 Y00345 Z48501 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | AAD08718 AAH15958 AAH23520 CAA68428 CAA88401 EAW91815 EAW91817 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||