Homo sapiens Protein: VDR | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Protein | IDBP-585679.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | VDR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Name | vitamin D (1,25- dihydroxyvitamin D3) receptor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | NR1I1; PPP1R163; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Protein | ENSP00000449573 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-29237 (VDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Annotation | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Function | Nuclear hormone receptor. Transcription factor that mediates the action of vitamin D3 by controlling the expression of hormone sensitive genes. Regulates transcription of hormone sensitive genes via its association with the WINAC complex, a chromatin-remodeling complex. Recruited to promoters via its interaction with the WINAC complex subunit BAZ1B/WSTF, which mediates the interaction with acetylated histones, an essential step for VDR-promoter association. Plays a central role in calcium homeostasis. {ECO:0000269PubMed:10678179, ECO:0000269PubMed:15728261, ECO:0000269PubMed:16252006, ECO:0000269PubMed:16913708}. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Subcellular Localization | Nucleus. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Disease Associations | Rickets vitamin D-dependent 2A (VDDR2A) [MIM:277440]: A disorder of vitamin D metabolism resulting in severe rickets, hypocalcemia and secondary hyperparathyroidism. Most patients have total alopecia in addition to rickets. {ECO:0000269PubMed:1652893, ECO:0000269PubMed:2177843, ECO:0000269PubMed:2849209, ECO:0000269PubMed:7828346, ECO:0000269PubMed:8106618, ECO:0000269PubMed:8381803, ECO:0000269PubMed:8392085, ECO:0000269PubMed:8675579, ECO:0000269PubMed:8961271, ECO:0000269PubMed:9005998}. Note=The disease is caused by mutations affecting the gene represented in this entry. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue Specificity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 184 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 11 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Protein Structure and Domains | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PDB ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InterPro |
IPR000324
Vitamin D receptor IPR000536 Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core IPR001628 Zinc finger, nuclear hormone receptor-type IPR001723 Steroid hormone receptor IPR008946 Nuclear hormone receptor, ligand-binding |
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PFAM |
PF00104
PF00105 |
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PRINTS |
PR00350
PR00047 PR00398 |
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PIRSF | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART |
SM00430
SM00399 |
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TIGRFAMs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Post-translational Modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Modification | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | P11473 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PhosphoSite | PhosphoSite-P11473 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | T1WSQ6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 7421 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Hs.597853 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NP_000367 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HUGO | HGNC:12679 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | 601769 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS8757 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | 03463 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | AB002168 AC004466 AC121338 AF026260 AK312267 AY342401 AY427834 AY827087 BC060832 CH471111 HQ692836 J03258 KF054040 KF054041 KF054042 KF054044 KF054045 KF054046 KF054047 KF054048 KF054049 KF054050 KF054051 KF054052 KF054053 KF054054 M65208 X67482 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | AAA61273 AAA61274 AAB95155 AAH60832 AAP88938 AAR10771 AAV85448 ADZ17347 AGU41796 AGU41797 AGU41798 AGU41800 AGU41801 AGU41802 AGU41803 AGU41804 AGU41805 AGU41806 AGU41807 AGU41808 AGU41809 AGU41810 BAA83389 BAG35198 CAA47824 EAW57960 EAW57961 EAW57962 EAW57963 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||