Homo sapiens Protein: ERCC6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Protein | IDBP-73925.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | ERCC6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Name | excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, complementation group 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | ARMD5; CKN2; COFS; COFS1; CSB; RAD26; UVSS1; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Protein | ENSP00000348089 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-304121 (ERCC6) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Annotation | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Function | Essential factor involved in transcription-coupled nucleotide excision repair which allows RNA polymerase II-blocking lesions to be rapidly removed from the transcribed strand of active genes. Upon DNA-binding, it locally modifies DNA conformation by wrapping the DNA around itself, thereby modifying the interface between stalled RNA polymerase II and DNA. It is required for transcription-coupled repair complex formation. It recruits the CSA complex (DCX(ERCC8) complex), nucleotide excision repair proteins and EP300 to the at sites of RNA polymerase II- blocking lesions. {ECO:0000269PubMed:15548521, ECO:0000269PubMed:16916636, ECO:0000269PubMed:20541997}. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Subcellular Localization | Nucleus {ECO:0000269PubMed:16128801}. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Disease Associations | Cockayne syndrome B (CSB) [MIM:133540]: A rare disorder characterized by cutaneous sensitivity to sunlight, abnormal and slow growth, cachectic dwarfism, progeroid appearance, progressive pigmentary retinopathy and sensorineural deafness. There is delayed neural development and severe progressive neurologic degeneration resulting in mental retardation. Two clinical forms are recognized: in the classical form or Cockayne syndrome type 1, the symptoms are progressive and typically become apparent within the first few years or life; the less common Cockayne syndrome type 2 is characterized by more severe symptoms that manifest prenatally. Cockayne syndrome shows some overlap with certain forms of xeroderma pigmentosum. Unlike xeroderma pigmentosum, patients with Cockayne syndrome do not manifest increased freckling and other pigmentation abnormalities in the skin and have no significant increase in skin cancer. {ECO:0000269PubMed:19894250, ECO:0000269PubMed:9443879}. Note=The disease is caused by mutations affecting the gene represented in this entry.Cerebro-oculo-facio-skeletal syndrome 1 (COFS1) [MIM:214150]: A disorder of prenatal onset characterized by microcephaly, congenital cataracts, facial dysmorphism, neurogenic arthrogryposis, growth failure and severe psychomotor retardation. COFS is considered to be part of the nucleotide-excision repair disorders spectrum that include also xeroderma pigmentosum, trichothiodystrophy and Cockayne syndrome. {ECO:0000269PubMed:19894250}. Note=The disease is caused by mutations affecting the gene represented in this entry.De Sanctis-Cacchione syndrome (DSC) [MIM:278800]: An autosomal recessive syndrome consisting of xeroderma pigmentosum associated with severe neurological and developmental involvement. In addition to the clinical signs of xeroderma pigmentosum, patients present with mental retardation, dwarfism, gonadal hypoplasia, microcephaly and various neurologic complications of early onset. Note=The disease is caused by mutations affecting the gene represented in this entry.Macular degeneration, age-related, 5 (ARMD5) [MIM:613761]: A form of age-related macular degeneration, a multifactorial eye disease and the most common cause of irreversible vision loss in the developed world. In most patients, the disease is manifest as ophthalmoscopically visible yellowish accumulations of protein and lipid that lie beneath the retinal pigment epithelium and within an elastin-containing structure known as Bruch membrane. {ECO:0000269PubMed:16754848}. Note=Disease susceptibility is associated with variations affecting the gene represented in this entry.UV-sensitive syndrome 1 (UVSS1) [MIM:600630]: An autosomal recessive disorder characterized by cutaneous photosensitivity and mild freckling in the absence of neurological abnormalities or skin tumors. {ECO:0000269PubMed:15486090}. Note=The disease is caused by mutations affecting the gene represented in this entry. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue Specificity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 50 experimentally validated interaction(s) in this database.
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Biological Process |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cellular Component |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Structure and Domains | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PDB ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InterPro |
IPR000330
SNF2-related IPR001650 Helicase, C-terminal IPR014001 Helicase, superfamily 1/2, ATP-binding domain IPR027417 P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PFAM |
PF00176
PF00271 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRINTS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PIRSF | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART |
SM00490
SM00487 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TIGRFAMs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Post-translational Modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Modification | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | Q03468 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PhosphoSite | PhosphoSite-Q03468 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | F5H493 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 2074 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Hs.682679 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NP_000115 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HUGO | HGNC:3438 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | 609413 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS7229 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | 00596 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | AC073366 AL138760 AY204752 CH471187 L04791 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | AAA52397 AAO13487 CAH70291 EAW93094 EAW93097 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||