Mus musculus Gene: Rxra | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-151388.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Rxra | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | retinoid X receptor alpha | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | 9530071D11Rik; Nr2b1; RXRalpha1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Mus musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000015846 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
retinoid X receptor alpha
retinoid X receptor alpha
retinoid X receptor alpha
retinoid X receptor alpha
retinoid X receptor alpha
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Annotation | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
Rxra controls innate inflammatory responses through the up-regulation of chemokine expression. Mice lacking Rxra in myeloid cells exhibit reduced levels of CCL6 and CCL9, impaired recruitment of leukocytes to sites of inflammation, and lower susceptibility to sepsis.
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InnateDB Annotation from Orthologs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
[Homo sapiens] RXRA controls innate inflammatory responses through the up-regulation of chemokine expression. Mice lacking RXRA in myeloid cells exhibit reduced levels of CCL6 and CCL9, impaired recruitment of leukocytes to sites of inflammation, and lower susceptibility to sepsis.
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Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
This gene does not have any Entrez summary - the following is the summary from its human ortholog ENSG00000186350:
Retinoid X receptors (RXRs) and retinoic acid receptors (RARs), are nuclear receptors that mediate the biological effects of retinoids by their involvement in retinoic acid-mediated gene activation. These receptors exert their action by binding, as homodimers or heterodimers, to specific sequences in the promoters of target genes and regulating their transcription. The protein encoded by this gene is a member of the steroid and thyroid hormone receptor superfamily of transcriptional regulators. [provided by RefSeq, Jul 2008] Retinoid X receptors (RXRs) and retinoic acid receptors (RARs) are nuclear receptors that mediate the biological effects of retinoids by their involvement in retinoic acid-mediated gene activation. These receptors function as transcription factors by binding as homodimers or heterodimers to specific sequences in the promoters of target genes. The protein encoded by this gene is a member of the steroid and thyroid hormone receptor superfamily of transcriptional regulators. Alternative splicing of this gene results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, May 2014] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 2:27676440-27762957 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Strand | Forward strand | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Band | A3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcripts | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 41 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 115 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species
Homo sapiens
Bos taurus
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Gene ID
Gene Order
Not yet available
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Pathways | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
REACTOME |
Transcriptional Regulation of Adipocyte Differentiation in 3T3-L1 Pre-adipocytes pathway
Rora activates circadian gene expression pathway
Circadian Clock pathway
Cytochrome P450 - arranged by substrate type pathway
Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation pathway
Organelle biogenesis and maintenance pathway
Mus musculus biological processes pathway
Phase 1 - Functionalization of compounds pathway
Nuclear Receptor transcription pathway pathway
Fatty acid, triacylglycerol, and ketone body metabolism pathway
Circadian Clock pathway
The citric acid (TCA) cycle and respiratory electron transport pathway
Activation of gene expression by SREBF (SREBP) pathway
Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) pathway
Recycling of bile acids and salts pathway
REV-ERBA represses gene expression pathway
RORA activates circadian gene expression pathway
Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex pathway
Orphan transporters pathway
Metabolism pathway
Metabolism of lipids and lipoproteins pathway
Regulation of lipid metabolism by Peroxisome proliferator-activated receptor alpha (PPARalpha) pathway
Endogenous sterols pathway
Synthesis of bile acids and bile salts pathway
Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol pathway
Pyruvate metabolism pathway
Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis pathway
Transmembrane transport of small molecules pathway
Pyruvate metabolism and Citric Acid (TCA) cycle pathway
Gene Expression pathway
PPARA activates gene expression pathway
Developmental Biology pathway
Import of palmitoyl-CoA into the mitochondrial matrix pathway
YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression pathway
Biological oxidations pathway
Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol pathway
Generic Transcription Pathway pathway
Mitochondrial biogenesis pathway
Bile acid and bile salt metabolism pathway
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KEGG |
PPAR signaling pathway pathway
Thyroid cancer pathway
Small cell lung cancer pathway
Adipocytokine signaling pathway pathway
Non-small cell lung cancer pathway
Pathways in cancer pathway
Bile secretion pathway
Hepatitis C pathway
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INOH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PID NCI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pathway Predictions based on Human Orthology Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NETPATH |
TNFalpha pathway
IL3 pathway
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REACTOME |
PPARA activates gene expression pathway
Regulation of lipid metabolism by Peroxisome proliferator-activated receptor alpha (PPARalpha) pathway
Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol pathway
Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol pathway
Synthesis of bile acids and bile salts pathway
Recycling of bile acids and salts pathway
Activation of gene expression by SREBF (SREBP) pathway
Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) pathway
Import of palmitoyl-CoA into the mitochondrial matrix pathway
Fatty acid, triacylglycerol, and ketone body metabolism pathway
Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex pathway
Pyruvate metabolism pathway
Endogenous sterols pathway
RORA activates circadian gene expression pathway
BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression pathway
REV-ERBA represses gene expression pathway
Circadian Clock pathway
Nuclear Receptor transcription pathway pathway
YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression pathway
Generic Transcription Pathway pathway
Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation pathway
Transmembrane transport of small molecules pathway
Organelle biogenesis and maintenance pathway
Developmental Biology pathway
Metabolism of lipids and lipoproteins pathway
Pyruvate metabolism and Citric Acid (TCA) cycle pathway
Bile acid and bile salt metabolism pathway
Mitochondrial biogenesis pathway
Cytochrome P450 - arranged by substrate type pathway
Orphan transporters pathway
Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis pathway
The citric acid (TCA) cycle and respiratory electron transport pathway
Metabolism pathway
Biological oxidations pathway
Gene Expression pathway
Phase 1 - Functionalization of compounds pathway
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KEGG |
Non-small cell lung cancer pathway
Thyroid cancer pathway
Small cell lung cancer pathway
PPAR signaling pathway pathway
Adipocytokine signaling pathway pathway
Pathways in cancer pathway
Bile secretion pathway
Hepatitis C pathway
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INOH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PID NCI |
RXR and RAR heterodimerization with other nuclear receptor
Retinoic acid receptors-mediated signaling
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Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Mm.24624 Mm.401401 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_001290481 NM_001290482 NM_011305 XM_006497801 XM_006497802 XM_006497803 XM_006497805 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS15830 CCDS71011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Symbol | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||