Bos taurus Gene: LIG4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-633610.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | LIG4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | DNA ligase 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Bos taurus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSBTAG00000015868 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
DNA ligase
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
This gene does not have any Entrez summary - the following is the summary from its human ortholog ENSG00000174405:
The protein encoded by this gene is a DNA ligase that joins single-strand breaks in a double-stranded polydeoxynucleotide in an ATP-dependent reaction. This protein is essential for V(D)J recombination and DNA double-strand break (DSB) repair through nonhomologous end joining (NHEJ). This protein forms a complex with the X-ray repair cross complementing protein 4 (XRCC4), and further interacts with the DNA-dependent protein kinase (DNA-PK). Both XRCC4 and DNA-PK are known to be required for NHEJ. The crystal structure of the complex formed by this protein and XRCC4 has been resolved. Defects in this gene are the cause of LIG4 syndrome. Alternatively spliced transcript variants encoding the same protein have been observed. [provided by RefSeq, Jul 2008] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 12:87606118-87613800 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Strand | Reverse strand | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Band | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcripts |
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Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 0 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 110 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species
Homo sapiens
Mus musculus
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Gene ID
Gene Order
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Pathway Predictions based on Human Orthology Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
REACTOME |
2-LTR circle formation pathway
Integration of provirus pathway
Early Phase of HIV Life Cycle pathway
Nonhomologous End-joining (NHEJ) pathway
Double-Strand Break Repair pathway
HIV Life Cycle pathway
HIV Infection pathway
Disease pathway
DNA Repair pathway
Double-Strand Break Repair pathway
Nonhomologous End-joining (NHEJ) pathway
DNA Repair pathway
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KEGG |
Non-homologous end-joining pathway
Non-homologous end-joining pathway
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INOH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PID NCI |
DNA-PK pathway in nonhomologous end joining
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Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | F1MB07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 781252 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Bt.7959 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_001191126 XM_005213999 XM_005214000 XM_005214001 XM_005214002 XM_005214003 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HUGO | HGNC:6601 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | DAAA02034872 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | 781252 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||