Bos taurus Gene: DDX39B | |||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-634185.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | DDX39B | ||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | Spliceosome RNA helicase DDX39B | ||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | BAT1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Bos taurus | ||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSBTAG00000014490 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
Spliceosome RNA helicase DDX39B
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
This gene does not have any Entrez summary - the following is the summary from its human ortholog ENSG00000198563:
This gene encodes a member of the DEAD box family of RNA-dependent ATPases that mediate ATP hydrolysis during pre-mRNA splicing. The encoded protein is an essential splicing factor required for association of U2 small nuclear ribonucleoprotein with pre-mRNA, and it also plays an important role in mRNA export from the nucleus to the cytoplasm. This gene belongs to a cluster of genes localized in the vicinity of the genes encoding tumor necrosis factor alpha and tumor necrosis factor beta. These genes are all within the human major histocompatibility complex class III region. Mutations in this gene may be associated with rheumatoid arthritis. Alternative splicing results in multiple transcript variants. Related pseudogenes have been identified on both chromosomes 6 and 11. Read-through transcription also occurs between this gene and the upstream ATP6V1G2 (ATPase, H+ transporting, lysosomal 13kDa, V1 subunit G2) gene. [provided by RefSeq, Feb 2011] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 23:27565924-27576711 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Strand | Forward strand | ||||||||||||||||||||||||||||||
Band | |||||||||||||||||||||||||||||||
Transcripts |
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Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 0 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 54 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||||||||||||
Species
Homo sapiens
Mus musculus
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Gene ID
Gene Order
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Pathway Predictions based on Human Orthology Data | |||||||||||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||||||||||
REACTOME | |||||||||||||||||||||||||||||||
KEGG |
Spliceosome pathway
RNA transport pathway
mRNA surveillance pathway pathway
Spliceosome pathway
RNA transport pathway
mRNA surveillance pathway pathway
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INOH | |||||||||||||||||||||||||||||||
PID NCI | |||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | Q3T147 | ||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | Q861P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 540191 | ||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Bt.4945 | ||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_001033629 | ||||||||||||||||||||||||||||||
HUGO | |||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | |||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | |||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | AF158723 BC102131 | ||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | AAI02132 AAO25754 | ||||||||||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | 540191 | ||||||||||||||||||||||||||||||