Homo sapiens Gene: NCBP2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-71402.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | NCBP2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | nuclear cap binding protein subunit 2, 20kDa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | CBC2; CBP20; NIP1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSG00000114503 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
nuclear cap binding protein subunit 2, 20kDa
nuclear cap binding protein subunit 2, 20kDa
nuclear cap binding protein subunit 2, 20kDa
nuclear cap binding protein subunit 2, 20kDa
nuclear cap binding protein subunit 2, 20kDa
nuclear cap binding protein subunit 2, 20kDa
nuclear cap binding protein subunit 2, 20kDa
nuclear cap binding protein subunit 2, 20kDa
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
The product of this gene is a component of the nuclear cap-binding protein complex (CBC), which binds to the monomethylated 5' cap of nascent pre-mRNA in the nucleoplasm. The encoded protein has an RNP domain commonly found in RNA binding proteins, and contains the cap-binding activity. The CBC promotes pre-mRNA splicing, 3'-end processing, RNA nuclear export, and nonsense-mediated mRNA decay. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008] The product of this gene is a component of the nuclear cap-binding protein complex (CBC), which binds to the monomethylated 5\' cap of nascent pre-mRNA in the nucleoplasm. The encoded protein has an RNP domain commonly found in RNA binding proteins, and contains the cap-binding activity. The CBC promotes pre-mRNA splicing, 3\'-end processing, RNA nuclear export, and nonsense-mediated mRNA decay. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 3:196935402-196942597 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Strand | Reverse strand | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Band | q29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcripts | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 28 experimentally validated interaction(s) in this database.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species
Mus musculus
Bos taurus
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Gene ID
Gene Order
Not yet available
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Pathways | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
REACTOME |
snRNP Assembly pathway
Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) pathway
Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) pathway
SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs pathway
Processing of Intronless Pre-mRNAs pathway
SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs pathway
mRNA 3'-end processing pathway
mRNA Splicing - Major Pathway pathway
mRNA Splicing - Minor Pathway pathway
Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript pathway
Transport of the SLBP independent Mature mRNA pathway
Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA pathway
Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript pathway
Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA pathway
mRNA Capping pathway
Cleavage of Growing Transcript in the Termination Region pathway
RNA Polymerase II Pre-transcription Events pathway
Formation of RNA Pol II elongation complex pathway
Formation of the Early Elongation Complex pathway
RNA Polymerase II Transcription Elongation pathway
Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat pathway
Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex pathway
Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat pathway
Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript pathway
Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat pathway
Transcription of the HIV genome pathway
Late Phase of HIV Life Cycle pathway
Nonsense-Mediated Decay (NMD) pathway
RNA Polymerase II Transcription Termination pathway
HIV Transcription Elongation pathway
RNA Polymerase II Transcription pathway
Transport of Mature Transcript to Cytoplasm pathway
HIV Life Cycle pathway
Metabolism of non-coding RNA pathway
Processing of Capped Intronless Pre-mRNA pathway
Transport of Mature mRNAs Derived from Intronless Transcripts pathway
HIV Infection pathway
mRNA Splicing pathway
Gene Expression pathway
Disease pathway
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KEGG |
Spliceosome pathway
RNA transport pathway
mRNA surveillance pathway pathway
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INOH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PID NCI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | F8WE41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 22916 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Hs.591671 Hs.732137 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_001042540 NM_007362 XM_005269313 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HUGO | HGNC:7659 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | 605133 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS3323 CCDS46986 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | 05503 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | AC011322 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | 22916 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||