Homo sapiens Gene: SPTLC1 | |||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Summary | |||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-75806.6 | ||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | SPTLC1 | ||||||||||||||||||||||
Gene Name | serine palmitoyltransferase, long chain base subunit 1 | ||||||||||||||||||||||
Synonyms | HSAN1; HSN1; LBC1; LCB1; SPT1; SPTI | ||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSG00000090054 | ||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
serine palmitoyltransferase, long chain base subunit 1
serine palmitoyltransferase, long chain base subunit 1
|
||||||||||||||||||||||
Protein Structure | |||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||
Summary |
Serine palmitoyltransferase, which consists of two different subunits, is the key enzyme in sphingolipid biosynthesis. It converts L-serine and palmitoyl-CoA to 3-oxosphinganine with pyridoxal 5'-phosphate as a cofactor. The product of this gene is the long chain base subunit 1 of serine palmitoyltransferase. Mutations in this gene were identified in patients with hereditary sensory neuropathy type 1. Alternatively spliced variants encoding different isoforms have been identified. [provided by RefSeq, Jul 2008] This gene encodes a member of the class-II pyridoxal-phosphate-dependent aminotransferase family. The encoded protein is the long chain base subunit 1 of serine palmitoyltransferase. Serine palmitoyltransferase converts L-serine and palmitoyl-CoA to 3-oxosphinganine with pyridoxal 5\'-phosphate and is the key enzyme in sphingolipid biosynthesis. Mutations in this gene were identified in patients with hereditary sensory neuropathy type 1. Alternatively spliced variants encoding different isoforms have been identified. Pseudogenes of this gene have been defined on chromosomes 1, 6, 10, and 13. [provided by RefSeq, Jul 2013] |
||||||||||||||||||||||
Gene Information | |||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 9:92031999-92115384 | ||||||||||||||||||||||
Strand | Reverse strand | ||||||||||||||||||||||
Band | q22.31 | ||||||||||||||||||||||
Transcripts |
|
||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 20 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 2 interaction(s) predicted by orthology.
|
||||||||||||||||||||||
Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
|
||||||||||||||||||||||
Biological Process |
|
||||||||||||||||||||||
Cellular Component |
|
||||||||||||||||||||||
Orthologs | |||||||||||||||||||||||
Species
Mus musculus
Bos taurus
|
Gene ID
Gene Order
Not yet available
|
||||||||||||||||||||||
Pathways | |||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||
REACTOME |
Sphingolipid de novo biosynthesis pathway
Sphingolipid metabolism pathway
Metabolism of lipids and lipoproteins pathway
Metabolism pathway
|
||||||||||||||||||||||
KEGG |
Sphingolipid metabolism pathway
|
||||||||||||||||||||||
INOH | |||||||||||||||||||||||
PID NCI | |||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||
SwissProt | |||||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||
UniGene | |||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_001281303 NM_006415 NM_178324 | ||||||||||||||||||||||
HUGO | |||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS6692 CCDS6693 | ||||||||||||||||||||||
HPRD | 05754 | ||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||
EMBL | |||||||||||||||||||||||
GenPept | |||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | |||||||||||||||||||||||