Homo sapiens Gene: HLA-C | |||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-77290.6 | ||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | HLA-C | ||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | major histocompatibility complex, class I, C | ||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | D6S204; HLA-JY3; HLC-C; PSORS1 | ||||||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSG00000204525 | ||||||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
major histocompatibility complex, class I, C
major histocompatibility complex, class I, C
major histocompatibility complex, class I, C
major histocompatibility complex, class I, C
major histocompatibility complex, class I, C
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||
Summary |
HLA-C belongs to the HLA class I heavy chain paralogues. This class I molecule is a heterodimer consisting of a heavy chain and a light chain (beta-2 microglobulin). The heavy chain is anchored in the membrane. Class I molecules play a central role in the immune system by presenting peptides derived from endoplasmic reticulum lumen. They are expressed in nearly all cells. The heavy chain is approximately 45 kDa and its gene contains 8 exons. Exon one encodes the leader peptide, exons 2 and 3 encode the alpha1 and alpha2 domain, which both bind the peptide, exon 4 encodes the alpha3 domain, exon 5 encodes the transmembrane region, and exons 6 and 7 encode the cytoplasmic tail. Polymorphisms within exon 2 and exon 3 are responsible for the peptide binding specificity of each class one molecule. Typing for these polymorphisms is routinely done for bone marrow and kidney transplantation. Over one hundred HLA-C alleles have been described [provided by RefSeq, Jul 2008] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 6:31268749-31357158 | ||||||||||||||||||||||||||
Strand | Reverse strand | ||||||||||||||||||||||||||
Band | p21.33 | ||||||||||||||||||||||||||
Transcripts | |||||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 29 experimentally validated interaction(s) in this database.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||||||||
No orthologs found for this gene | |||||||||||||||||||||||||||
Pathways | |||||||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||||||
REACTOME |
Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC pathway
Endosomal/Vacuolar pathway pathway
ER-Phagosome pathway pathway
Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell pathway
Interferon alpha/beta signaling pathway
Interferon gamma signaling pathway
Cytokine Signaling in Immune system pathway
Interferon Signaling pathway
Antigen processing-Cross presentation pathway
Adaptive Immune System pathway
Immune System pathway
Class I MHC mediated antigen processing & presentation pathway
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KEGG |
Cell adhesion molecules (CAMs) pathway
Antigen processing and presentation pathway
Type I diabetes mellitus pathway
Natural killer cell mediated cytotoxicity pathway
Allograft rejection pathway
Autoimmune thyroid disease pathway
Graft-versus-host disease pathway
Endocytosis pathway
Viral myocarditis pathway
Phagosome pathway
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INOH | |||||||||||||||||||||||||||
PID NCI | |||||||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | |||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Hs.732433 | ||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_002117 | ||||||||||||||||||||||||||
HUGO | |||||||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS34393 | ||||||||||||||||||||||||||
HPRD | 00829 | ||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||
EMBL | |||||||||||||||||||||||||||
GenPept | |||||||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | |||||||||||||||||||||||||||