Homo sapiens Gene: ATRX | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-77514.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | ATRX | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | alpha thalassemia/mental retardation syndrome X-linked | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | ATR2; JMS; MRXHF1; RAD54; RAD54L; SFM1; SHS; XH2; XNP; ZNF-HX | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSG00000085224 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
alpha thalassemia/mental retardation syndrome X-linked
alpha thalassemia/mental retardation syndrome X-linked
alpha thalassemia/mental retardation syndrome X-linked
alpha thalassemia/mental retardation syndrome X-linked
alpha thalassemia/mental retardation syndrome X-linked
alpha thalassemia/mental retardation syndrome X-linked
alpha thalassemia/mental retardation syndrome X-linked
alpha thalassemia/mental retardation syndrome X-linked
alpha thalassemia/mental retardation syndrome X-linked
alpha thalassemia/mental retardation syndrome X-linked
alpha thalassemia/mental retardation syndrome X-linked
alpha thalassemia/mental retardation syndrome X-linked
alpha thalassemia/mental retardation syndrome X-linked
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
The protein encoded by this gene contains an ATPase/helicase domain, and thus it belongs to the SWI/SNF family of chromatin remodeling proteins. The mutations of this gene are associated with an X-linked mental retardation (XLMR) syndrome most often accompanied by alpha-thalassemia (ATRX) syndrome. These mutations have been shown to cause diverse changes in the pattern of DNA methylation, which may provide a link between chromatin remodeling, DNA methylation, and gene expression in developmental processes. This protein is found to undergo cell cycle-dependent phosphorylation, which regulates its nuclear matrix and chromatin association, and suggests its involvement in the gene regulation at interphase and chromosomal segregation in mitosis. Multiple alternatively spliced transcript variants encoding distinct isoforms have been reported. [provided by RefSeq, Jul 2008] The protein encoded by this gene contains an ATPase/helicase domain, and thus it belongs to the SWI/SNF family of chromatin remodeling proteins. This protein is found to undergo cell cycle-dependent phosphorylation, which regulates its nuclear matrix and chromatin association, and suggests its involvement in the gene regulation at interphase and chromosomal segregation in mitosis. Mutations in this gene are associated with an X-linked mental retardation (XLMR) syndrome most often accompanied by alpha-thalassemia (ATRX) syndrome. These mutations have been shown to cause diverse changes in the pattern of DNA methylation, which may provide a link between chromatin remodeling, DNA methylation, and gene expression in developmental processes. Multiple alternatively spliced transcript variants encoding distinct isoforms have been reported. [provided by RefSeq, Aug 2013] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome X:77504878-77786269 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Strand | Reverse strand | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Band | q21.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcripts | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 63 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 6 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species
Mus musculus
Bos taurus
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Gene ID
Gene Order
Not yet available
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Pathways | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NETPATH |
TSLP pathway
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REACTOME | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
KEGG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
INOH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PID NCI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_000489 NM_138270 XM_005262153 XM_005262155 XM_005262156 XM_006724666 XM_006724667 XM_006724668 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HUGO | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS14434 CCDS14435 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||