Homo sapiens Protein: KDM5B | |||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||
InnateDB Protein | IDBP-105870.6 | ||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | KDM5B | ||||||||||||||||||||||
Protein Name | lysine (K)-specific demethylase 5B | ||||||||||||||||||||||
Synonyms | CT31; JARID1B; PLU-1; PLU1; PPP1R98; PUT1; RBBP2H1A; | ||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||
Ensembl Protein | ENSP00000356234 | ||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-105868 (KDM5B) | ||||||||||||||||||||||
Protein Structure | |||||||||||||||||||||||
UniProt Annotation | |||||||||||||||||||||||
Function | Histone demethylase that demethylates 'Lys-4' of histone H3, thereby playing a central role in histone code. Does not demethylate histone H3 'Lys-9' or H3 'Lys-27'. Demethylates trimethylated, dimethylated and monomethylated H3 'Lys-4'. Acts as a transcriptional corepressor for FOXG1B and PAX9. Favors the proliferation of breast cancer cells by repressing tumor suppressor genes such as BRCA1 and HOXA5. In contrast, may act as a tumor suppressor for melanoma. {ECO:0000269PubMed:12657635, ECO:0000269PubMed:16645588, ECO:0000269PubMed:17320161, ECO:0000269PubMed:17363312}. | ||||||||||||||||||||||
Subcellular Localization | Nucleus {ECO:0000255PROSITE- ProRule:PRU00355, ECO:0000255PROSITE-ProRule:PRU00537, ECO:0000269PubMed:10336460, ECO:0000269PubMed:12237901}. | ||||||||||||||||||||||
Disease Associations | |||||||||||||||||||||||
Tissue Specificity | Ubiquitously expressed, with highest levels in testis. Down-regulated in melanoma and glioblastoma. Up-regulated in breast cancer (at protein level). {ECO:0000269PubMed:10336460, ECO:0000269PubMed:10616211, ECO:0000269PubMed:10878660, ECO:0000269PubMed:12237901, ECO:0000269PubMed:15803180}. | ||||||||||||||||||||||
Comments | |||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 102 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 2 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Protein Structure and Domains | |||||||||||||||||||||||
PDB ID | |||||||||||||||||||||||
InterPro |
IPR001606
ARID/BRIGHT DNA-binding domain IPR001965 Zinc finger, PHD-type IPR003347 JmjC domain IPR003349 Transcription factor jumonji, JmjN IPR004198 Zinc finger, C5HC2-type IPR011011 Zinc finger, FYVE/PHD-type IPR013637 Lysine-specific demethylase-like domain IPR019787 Zinc finger, PHD-finger |
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PFAM |
PF01388
PF02373 PF08007 PF02375 PF02928 PF08429 PF00628 |
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PRINTS | |||||||||||||||||||||||
PIRSF | |||||||||||||||||||||||
SMART |
SM00501
SM00249 SM00558 SM00545 |
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TIGRFAMs | |||||||||||||||||||||||
Post-translational Modifications | |||||||||||||||||||||||
Modification | |||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||
SwissProt | Q9UGL1 | ||||||||||||||||||||||
PhosphoSite | PhosphoSite-Q9UGL1 | ||||||||||||||||||||||
TrEMBL | Q9UIW7 | ||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 10765 | ||||||||||||||||||||||
UniGene | Hs.708276 | ||||||||||||||||||||||
RefSeq | NP_006609 | ||||||||||||||||||||||
HUGO | HGNC:18039 | ||||||||||||||||||||||
OMIM | 605393 | ||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS30974 | ||||||||||||||||||||||
HPRD | 09251 | ||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||
EMBL | AC098934 AC104463 AF087481 AJ132440 AJ243706 AK022521 AK022553 AK122752 AL133040 AL133048 AL133072 AL137622 AY370676 CH471067 | ||||||||||||||||||||||
GenPept | AAD16061 AAQ82849 BAG51084 BAG51090 BAG53706 CAB43532 CAB61368 CAB61375 CAB61395 CAB63108 CAB70847 EAW91432 | ||||||||||||||||||||||