Version 5.4
| Mus musculus Protein: Kdm5d | |||||||||||||||||||
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| Summary | |||||||||||||||||||
| InnateDB Protein | IDBP-127665.6 | ||||||||||||||||||
| Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||
| Gene Symbol | Kdm5d | ||||||||||||||||||
| Protein Name | lysine (K)-specific demethylase 5D | ||||||||||||||||||
| Synonyms | HY; Jarid1d; Smcy; | ||||||||||||||||||
| Species | Mus musculus | ||||||||||||||||||
| Ensembl Protein | ENSMUSP00000061095 | ||||||||||||||||||
| InnateDB Gene | IDBG-127663 (Kdm5d) | ||||||||||||||||||
| Protein Structure |
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| UniProt Annotation | |||||||||||||||||||
| Function | Histone demethylase that specifically demethylates 'Lys- 4' of histone H3, thereby playing a central role in histone code. Does not demethylate histone H3 'Lys-9', H3 'Lys-27', H3 'Lys-36', H3 'Lys-79' or H4 'Lys-20'. Demethylates trimethylated and dimethylated but not monomethylated H3 'Lys-4'. May play a role in spermatogenesis (By similarity). {ECO:0000250}. | ||||||||||||||||||
| Subcellular Localization | Nucleus {ECO:0000255PROSITE- ProRule:PRU00355, ECO:0000255PROSITE-ProRule:PRU00537}. | ||||||||||||||||||
| Disease Associations | |||||||||||||||||||
| Tissue Specificity | |||||||||||||||||||
| Comments | |||||||||||||||||||
| Interactions | |||||||||||||||||||
| Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 3 experimentally validated interaction(s) in this database.
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| Gene Ontology | |||||||||||||||||||
Molecular Function |
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| Biological Process |
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| Cellular Component |
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| Protein Structure and Domains | |||||||||||||||||||
| PDB ID | MGI:99780 | ||||||||||||||||||
| InterPro |
IPR001606
ARID/BRIGHT DNA-binding domain IPR001965 Zinc finger, PHD-type IPR003347 JmjC domain IPR003349 Transcription factor jumonji, JmjN IPR004198 Zinc finger, C5HC2-type IPR011011 Zinc finger, FYVE/PHD-type IPR013637 Lysine-specific demethylase-like domain IPR019787 Zinc finger, PHD-finger |
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| PFAM |
PF01388
PF02373 PF08007 PF02375 PF02928 PF08429 PF00628 |
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| PRINTS | |||||||||||||||||||
| PIRSF | |||||||||||||||||||
| SMART |
SM00501
SM00249 SM00558 SM00545 |
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| TIGRFAMs | |||||||||||||||||||
| Post-translational Modifications | |||||||||||||||||||
| Modification | |||||||||||||||||||
| Cross-References | |||||||||||||||||||
| SwissProt | Q62240 | ||||||||||||||||||
| PhosphoSite | PhosphoSite-Q62240 | ||||||||||||||||||
| TrEMBL | |||||||||||||||||||
| UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||
| Entrez Gene | 20592 | ||||||||||||||||||
| UniGene | Mm.428271 | ||||||||||||||||||
| RefSeq | NP_035549 | ||||||||||||||||||
| MGI ID | |||||||||||||||||||
| MGI Symbol | Kdm5d | ||||||||||||||||||
| OMIM | |||||||||||||||||||
| CCDS | CCDS30541 | ||||||||||||||||||
| HPRD | |||||||||||||||||||
| IMGT | |||||||||||||||||||
| EMBL | AF127244 AK140971 BC059077 Z29652 | ||||||||||||||||||
| GenPept | AAD53048 AAH59077 BAE24534 CAA82760 | ||||||||||||||||||