Mus musculus Protein: Xrcc6 | |||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Protein | IDBP-165878.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Xrcc6 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Name | X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | 70kDa; G22p1; Ku70; | ||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Mus musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Protein | ENSMUSP00000068559 | ||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-165874 (Xrcc6) | ||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Annotation | |||||||||||||||||||||||||||||||
Function | Single-stranded DNA-dependent ATP-dependent helicase. Has a role in chromosome translocation. The DNA helicase II complex binds preferentially to fork-like ends of double-stranded DNA in a cell cycle-dependent manner. It works in the 3'-5' direction. Binding to DNA may be mediated by XRCC6. Involved in DNA non-homologous end joining (NHEJ) required for double-strand break repair and V(D)J recombination. The XRCC5/6 dimer acts as regulatory subunit of the DNA-dependent protein kinase complex DNA-PK by increasing the affinity of the catalytic subunit PRKDC to DNA by 100-fold. The XRCC5/6 dimer is probably involved in stabilizing broken DNA ends and bringing them together. The assembly of the DNA-PK complex to DNA ends is required for the NHEJ ligation step. Required for osteocalcin gene expression. Probably also acts as a 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase (5'-dRP lyase), by catalyzing the beta-elimination of the 5' deoxyribose- 5-phosphate at an abasic site near double-strand breaks. 5'-dRP lyase activity allows to 'clean' the termini of abasic sites, a class of nucleotide damage commonly associated with strand breaks, before such broken ends can be joined. The XRCC5/6 dimer together with APEX1 acts as a negative regulator of transcription. {ECO:0000269PubMed:12145306}. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Subcellular Localization | Nucleus. Chromosome. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Disease Associations | |||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue Specificity | |||||||||||||||||||||||||||||||
Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 8 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 210 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Protein Structure and Domains | |||||||||||||||||||||||||||||||
PDB ID | MGI:95606 | ||||||||||||||||||||||||||||||
InterPro |
IPR002035
von Willebrand factor, type A IPR003034 SAP domain IPR005160 Ku70/Ku80 C-terminal arm IPR005161 Ku70/Ku80, N-terminal alpha/beta IPR006164 Ku70/Ku80 beta-barrel domain IPR006165 Ku70 IPR016194 SPOC like C-terminal domain |
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PFAM |
PF00092
PF02037 PF03730 PF03731 PF02735 |
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PRINTS | |||||||||||||||||||||||||||||||
PIRSF |
PIRSF003033
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SMART |
SM00327
SM00513 SM00559 |
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TIGRFAMs | |||||||||||||||||||||||||||||||
Post-translational Modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||
Modification | |||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | P23475 | ||||||||||||||||||||||||||||||
PhosphoSite | PhosphoSite-P23475 | ||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | E9Q4A4 | ||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 14375 | ||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Mm.288809 | ||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NP_034377 | ||||||||||||||||||||||||||||||
MGI ID | |||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Symbol | Xrcc6 | ||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS37153 | ||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | |||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | AB010282 AC102176 AF483500 AF483501 AK143570 AK146392 AK146394 AK146396 BC031422 M38700 U34878 U50367 U50368 U50369 U50370 U50371 U50372 U50373 U50374 U50375 U50376 U50377 U50378 Z14157 | ||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | AAA39396 AAC52675 AAC53575 AAH31422 AAL90774 AAL90775 BAA28874 BAE25441 BAE27135 BAE27137 BAE27139 CAA78526 | ||||||||||||||||||||||||||||||