Mus musculus Protein: Lrrk2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Protein | IDBP-175627.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Lrrk2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Name | leucine-rich repeat kinase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | 4921513O20Rik; 9330188B09Rik; AW561911; cI-46; D630001M17Rik; Gm927; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Mus musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Protein | ENSMUSP00000052584 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-175625 (Lrrk2) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Annotation | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Function | Positively regulates autophagy through a calcium- dependent activation of the CaMKK/AMPK signaling pathway. The process involves activation of nicotinic acid adenine dinucleotide phosphate (NAADP) receptors, increase in lysosomal pH, and calcium release from lysosomes. Together with RAB29, plays a role in the retrograde trafficking pathway for recycling proteins, such as mannose 6 phosphate receptor (M6PR), between lysosomes and the Golgi apparatus in a retromer-dependent manner. Regulates neuronal process morphology in the intact central nervous system (CNS). Phosphorylates PRDX3. May also have GTPase activity (By similarity). {ECO:0000250}. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Subcellular Localization | Membrane {ECO:0000250}; Peripheral membrane protein {ECO:0000250}. Cytoplasm {ECO:0000250}. Perikaryon {ECO:0000250}. Cell projection, axon {ECO:0000250}. Cell projection, dendrite {ECO:0000250}. Golgi apparatus {ECO:0000269PubMed:17120249}. Endoplasmic reticulum {ECO:0000269PubMed:17120249}. Cytoplasmic vesicle {ECO:0000269PubMed:17120249}. Endosome {ECO:0000269PubMed:17120249}. Lysosome {ECO:0000269PubMed:17120249}. Mitochondrion outer membrane {ECO:0000269PubMed:17120249}. Mitochondrion inner membrane {ECO:0000269PubMed:17120249}. Mitochondrion matrix {ECO:0000269PubMed:17120249}. Note=Localized in the cytoplasm and associated with cellular membrane structures. Colocalized with RAB29 along tubular structures emerging from Golgi apparatus. Localizes in intracytoplasmic punctate structures of neuronal perikarya and dendritic and axonal processes (By similarity). Predominantly associated with intracytoplasmic vesicular and membranous structures. Predominantly associated with the mitochondrial outer membrane of the mitochondria. {ECO:0000250}. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Disease Associations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue Specificity | Expressed in the brain (at protein level). Detected throughout the adult brain. Expressed in deep cerebral cortex layers, superficial cingulate cortex layers, the piriform cortex, hippocampal formation, caudate putamen, substantia nigra, the basolateral and basomedial anterior amygdala nuclei, reticular thalamic nucleus and also in the cerebellar granular cell layer. Highly expressed in the striatum, cortex and olfactory tubercle. Little or no expression in the substantia nigra, where dopaminergic neurons preferentially degenerate in Parkinson disease. Expression is particularly high in brain dopaminoceptive areas. High and strikingly specific expression in striatum and parts of cortex and no signals in dopamine neurons. {ECO:0000269PubMed:16487147, ECO:0000269PubMed:16504409, ECO:0000269PubMed:16532471, ECO:0000269PubMed:17120249}. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 53 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 136 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Protein Structure and Domains | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PDB ID | MGI:1913975 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InterPro |
IPR000719
Protein kinase domain IPR001245 Serine-threonine/tyrosine-protein kinase catalytic domain IPR001611 Leucine-rich repeat IPR001806 Small GTPase superfamily IPR002290 Serine/threonine- /dual specificity protein kinase, catalytic domain IPR003579 Small GTPase superfamily, Rab type IPR003591 Leucine-rich repeat, typical subtype IPR005225 Small GTP-binding protein domain IPR011009 Protein kinase-like domain IPR013684 Mitochondrial Rho-like IPR016024 Armadillo-type fold IPR017986 WD40-repeat-containing domain IPR020635 Tyrosine-protein kinase, catalytic domain IPR027417 P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase |
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PFAM |
PF00069
PF07714 PF00560 PF13504 PF13855 PF00071 PF08477 |
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PRINTS |
PR00109
PR00449 |
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PIRSF | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART |
SM00220
SM00175 SM00369 SM00219 |
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TIGRFAMs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Post-translational Modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Modification | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | Q5S006 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PhosphoSite | PhosphoSite-Q5S006 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 66725 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Mm.399181 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NP_080006 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Symbol | Lrrk2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS37180 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | AC099704 AC158752 AK034413 AK052591 AY792512 BC034074 BC035949 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | AAH34074 AAH35949 AAV63976 BAC28700 BAC35052 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||