Mus musculus Protein: Atg16l1 | |||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||
InnateDB Protein | IDBP-178703.6 | ||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Atg16l1 | ||||||||||||||||||||||
Protein Name | autophagy-related 16-like 1 (yeast) | ||||||||||||||||||||||
Synonyms | 1500009K01Rik; Apg16l; Atg16l; WDR30; | ||||||||||||||||||||||
Species | Mus musculus | ||||||||||||||||||||||
Ensembl Protein | ENSMUSP00000027512 | ||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-178701 (Atg16l1) | ||||||||||||||||||||||
Protein Structure | |||||||||||||||||||||||
UniProt Annotation | |||||||||||||||||||||||
Function | Plays an essential role in autophagy: interacts with ATG12-ATG5 to mediate the conjugation of phosphatidylethanolamine (PE) to LC3 (MAP1LC3A, MAP1LC3B or MAP1LC3C), to produce a membrane-bound activated form of LC3 named LC3-II. Thereby, controls the elongation of the nascent autophagosomal membrane. {ECO:0000269PubMed:12665549, ECO:0000269PubMed:24553140}. | ||||||||||||||||||||||
Subcellular Localization | Cytoplasm. Preautophagosomal structure membrane; Peripheral membrane protein. Note=Localized to preautophagosomal structure (PAS) where it is involved in the membrane targeting of ATG5. Localizes also to discrete punctae along the ciliary axoneme. | ||||||||||||||||||||||
Disease Associations | |||||||||||||||||||||||
Tissue Specificity | Widely expressed. In the liver, isoform 2 is highly expressed and isoform 1 is weakly expressed. Isoform 3 is expressed in the brain. {ECO:0000269PubMed:12665549}. | ||||||||||||||||||||||
Comments | |||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 27 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 32 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Protein Structure and Domains | |||||||||||||||||||||||
PDB ID | MGI:1924290 | ||||||||||||||||||||||
InterPro |
IPR001680
WD40 repeat IPR013923 Autophagy-related protein 16 IPR017986 WD40-repeat-containing domain IPR020472 G-protein beta WD-40 repeat |
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PFAM |
PF00400
PF08614 |
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PRINTS |
PR00320
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PIRSF | |||||||||||||||||||||||
SMART |
SM00320
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TIGRFAMs | |||||||||||||||||||||||
Post-translational Modifications | |||||||||||||||||||||||
Modification | |||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||
SwissProt | Q8C0J2 | ||||||||||||||||||||||
PhosphoSite | PhosphoSite-Q8C0J2 | ||||||||||||||||||||||
TrEMBL | D3YZW7 | ||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 77040 | ||||||||||||||||||||||
UniGene | Mm.410937 | ||||||||||||||||||||||
RefSeq | NP_084122 | ||||||||||||||||||||||
MGI ID | |||||||||||||||||||||||
MGI Symbol | Atg16l1 | ||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS15136 | ||||||||||||||||||||||
HPRD | |||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||
EMBL | AB087879 AB087880 AB087881 AC102630 AC159967 AK005181 AK030983 AK131120 BC049122 | ||||||||||||||||||||||
GenPept | AAH49122 BAB23866 BAC27201 BAC55090 BAC55091 BAC55092 BAD21370 | ||||||||||||||||||||||